Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8iZY	35877	2025-06-15	2023-04-09	2.5	2.54	2.78	2.6	0.006	0.65	0.0	0.03	18.00	0.00	1.956	7.21	0.71	3.2	96.8	0.0	2.64	0.48	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16776	1004	8	0	8	0	8360	logfile
✘	8oPM	17076	2025-06-26	2023-04-07	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29802	3582	42	0	123	0	0	logfile
✘	8oPE	17050	2025-06-28	2023-04-07	3.09	3.18	3.17	3.1	0.005	0.69	0.0	0.04	18.43	0.01	2.456	5.64	0.24	1.1	98.9	0.0	0.16	0.46	0.79	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33411	3906	42	105	0	0	0	logfile
✘	8oPN	17077	2025-06-25	2023-04-07	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28543	3555	13	0	40	0	0	logfile
✘	8oPo	17078	2025-06-25	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	8iYH	35822	2025-06-06	2023-04-04	3.3	3.51	3.28	3.5	0.006	0.74	0.0	0.05	13.48	0.01	2.204	5.25	1.08	2.3	97.7	0.0	0.53	0.69	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8035	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	8oLE	16956	2025-06-15	2023-03-30	4.4	4.72	4.03	5.7	0.005	0.90	2.0	0.06	13.98	0.01	1.554	30.06	0.15	12.6	87.1	0.3	-3.85	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17757	2254	3	0	0	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2025-06-07	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2025-06-10	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8iU0	35713	2025-06-06	2023-03-23	2.66	2.91	2.66	2.9	0.015	1.60	0.0	0.08	18.62	0.02	2.258	6.64	0.90	3.6	96.4	0.0	-1.94	0.54	0.80	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7062	765	6	0	45	78	0	logfile
✘	8oi6	16887	2025-06-10	2023-03-22	3.59	3.91	3.62	3.8	0.005	0.65	0.0	0.04	16.97	0.00	1.808	7.71	0.24	1.8	98.1	0.1	0.35	0.77	0.84	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11573	1464	14	0	11	0	0	logfile
✘	8GKC	40182	2025-06-13	2023-03-17	2.45	2.61	2.47	2.7	0.013	1.00	0.0	0.05	16.90	0.00	2.160	12.35	0.00	3.0	97.0	0.0	-1.15	0.67	0.82	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14616	1932	4	0	6	0	0	logfile
✘	8iPQ	35640	2025-06-12	2023-03-14	3.5	3.94	3.69	3.8	0.004	0.77	2.0	0.05	16.07	0.01	2.209	16.79	0.61	7.2	92.7	0.1	0.55	0.64	0.80	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14456	1996	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Gi8	40062	2025-06-06	2023-03-13	2.88	3.11	2.77	3.1	0.012	1.16	0.0	0.09	26.08	0.00	1.935	11.74	0.00	2.1	97.9	0.0	1.50	0.58	0.78	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6990	720	6	0	30	45	0	logfile
✘	8ioL	35621	2025-06-23	2023-03-11	2.9	2.89	3.00	3.0	0.010	0.80	0.0	0.05	13.15	0.00	2.138	12.14	0.39	7.3	92.7	0.0	-3.11	0.58	0.74	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27556	3516	8	0	0	0	0	logfile
✘	8ioD	35616	2025-06-06	2023-03-10	2.59	2.77	2.63	2.8	0.005	0.80	0.0	0.05	14.07	0.01	2.038	13.91	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.83	0.53	0.66	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8061	1023	8	0	3	0	0	logfile
✘	8GE1	29952	2025-06-05	2023-03-06	3.4	3.78	3.54	3.8	0.003	0.51	0.0	0.04	12.49	0.00	2.203	5.64	0.00	2.2	97.8	0.0	1.67	0.71	0.85	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6464	908	5	0	1	0	0	logfile
✘	8GAV	29909	2025-06-16	2023-02-23	2.7	2.16	2.59	1.7	0.011	1.06	0.0	0.07	9.78	0.01	2.037	2.60	0.38	5.7	94.1	0.2	-3.07	0.81	0.82	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19088	2464	16	0	12	0	0	logfile
✘	8G9Y	29882	2025-06-15	2023-02-22	4.28	5.75	4.38	4.3	0.008	1.40	4.0	0.07	19.16	0.01	2.193	9.13	0.00	9.6	90.3	0.1	-4.83	0.87	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17135	1983	53	0	120	0	0	logfile
✘	8iFF	35415	2025-06-12	2023-02-17	3.1	3.34	3.19	3.3	0.007	0.63	0.0	0.04	18.24	0.01	2.153	9.51	0.27	5.2	94.8	0.0	-0.43	0.66	0.81	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13698	1736	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 16 of 40
• next →