Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8iEJ	35383	2025-06-13	2023-02-15	3.12	3.65	3.13	3.1	0.010	0.66	0.0	0.04	26.50	0.00	1.421	11.02	1.32	1.9	98.1	0.0	1.90	0.90	0.86	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14086	1030	15	294	4	0	0	logfile
✘	8G6M	29774	2025-06-18	2023-02-15	3.1	3.00	3.08	3.0	0.004	0.71	0.0	0.04	13.63	0.01	2.143	2.33	0.43	1.9	98.1	0.0	0.86	0.54	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21438	1379	7	0	0	0	10657	logfile
✘	8G6R	29779	2025-06-08	2023-02-15	3.4	4.07	3.37	3.8	0.005	0.51	0.0	0.04	14.61	0.00	1.919	8.84	0.00	4.7	95.3	0.0	-0.24	0.85	0.84	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1075	6	40	2	0	0	logfile
✘	8iD8	35359	2025-06-07	2023-02-12	3.0	3.25	3.11	3.3	0.005	0.64	0.0	0.04	13.41	0.00	1.393	8.92	0.33	3.3	96.7	0.0	-0.43	0.67	0.78	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8635	1137	6	0	1	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2025-06-15	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8iA7	35297	2025-06-07	2023-02-08	3.1	3.36	3.20	3.4	0.004	0.73	0.0	0.05	12.55	0.00	2.202	7.95	0.00	5.0	94.8	0.2	-2.23	0.58	0.78	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8586	1123	7	0	1	0	0	logfile
✘	8i91	35254	2025-06-18	2023-02-06	3.3	3.48	3.29	3.4	0.011	1.12	0.0	0.06	17.23	0.01	1.837	22.83	8.31	12.9	85.0	2.2	-4.52	0.49	0.52	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21764	2658	24	0	36	0	0	logfile
✘	8G1S	29676	2025-06-23	2023-02-02	3.7	4.04	3.83	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	16.07	0.00	2.004	17.34	1.07	8.3	91.6	0.1	-1.91	0.80	0.81	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26788	3172	9	95	1	0	0	logfile
✘	8CE7	16600	2025-06-08	2023-02-01	2.7	2.34	2.47	2.7	0.010	1.43	12.0	0.09	13.19	0.01	0.000	16.57	3.33	9.0	91.0	0.0	-3.63	0.44	0.73	6.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10512	1512	24	0	0	0	0	logfile
✘	8CC6	16555	2025-06-14	2023-01-26	3.2	3.42	3.25	3.4	0.004	0.61	0.0	0.04	14.78	0.00	2.207	4.14	0.05	2.0	98.0	0.0	1.09	0.71	0.85	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16640	1950	20	0	30	0	0	logfile
✘	8FXi	29534	2025-06-25	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29641	3684	10	0	6	0	0	logfile
✘	8FVW	29494	2025-06-22	2023-01-19	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26108	3165	18	52	5	225	0	logfile
✘	8BQV	16188	2025-06-06	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	0.96	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8BQW	16189	2025-06-14	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.029	2.62	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.77	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	8i42	35162	2025-06-12	2023-01-18	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14060	1560	10	0	40	0	0	logfile
✘	8HX0	35070	2025-06-13	2023-01-03	2.9	3.26	3.10	3.2	0.003	0.55	0.0	0.04	13.32	0.00	2.234	5.10	0.06	0.5	99.5	0.0	3.64	0.69	0.85	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14919	1926	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Fo1	29338	2025-06-20	2022-12-29	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24481	1596	4	0	0	0	12140	logfile
✘	8FN6	29306	2025-06-19	2022-12-27	3.7	3.97	3.74	4.0	0.003	0.65	0.0	0.04	17.58	0.00	2.196	11.03	0.60	6.0	93.9	0.0	-0.22	0.75	0.75	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22421	2729	8	46	1	0	0	logfile
✘	8HVR	35047	2025-06-28	2022-12-27	3.35	3.51	3.40	3.4	0.004	0.72	0.0	0.05	17.11	0.01	2.199	7.13	0.12	2.7	97.3	0.0	-0.66	0.77	0.74	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33932	4041	14	122	3	0	0	logfile
✘	8FLR	29284	2025-06-07	2022-12-22	2.94	3.07	2.85	3.2	0.003	0.59	0.0	0.04	13.80	0.00	2.201	7.84	0.11	3.0	97.0	0.0	1.23	0.65	0.73	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8928	1147	9	0	0	10	0	logfile

• ← previous
• Page 17 of 40
• next →