Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8C21	16387	2025-06-10	2022-12-21	3.6	4.19	3.27	3.8	0.003	0.58	0.0	0.04	14.61	0.00	2.223	10.61	0.07	5.2	94.4	0.4	0.00	0.65	0.67	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11954	1441	6	0	2	0	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-06-04	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile
✘	8C07	16356	2025-06-05	2022-12-16	3.3	2.75	3.20	2.2	0.004	0.94	0.0	0.05	16.63	0.01	2.288	4.36	0.38	8.1	91.9	0.0	-3.00	0.77	0.72	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4974	644	5	0	1	0	0	logfile
✘	8HRK	34976	2025-06-05	2022-12-15	3.3	3.56	3.36	3.6	0.005	0.71	0.0	0.04	16.73	0.01	2.273	5.11	0.14	3.2	96.8	0.0	-1.80	0.67	0.74	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	791	2	0	0	0	0	logfile
✘	8FH3	29078	2025-06-23	2022-12-13	4.3	3.61	3.35	2.7	0.010	1.02	0.0	0.06	11.99	0.01	2.008	16.10	0.00	7.4	92.5	0.1	-2.93	0.75	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26773	3642	7	0	4	0	0	logfile
✘	8Ho8	34922	2025-06-12	2022-12-09	2.24	2.63	2.22	2.6	0.003	0.60	0.0	0.05	17.23	0.00	2.278	2.79	1.30	3.3	96.7	0.0	0.44	0.73	0.89	5.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13454	1618	6	0	4	309	0	logfile
✘	8HMZ	34905	2025-06-10	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8BVS	16270	2025-06-05	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8FD6	29003	2025-06-19	2022-12-02	2.9	3.18	2.95	3.2	0.007	0.74	0.0	0.05	14.43	0.00	1.835	8.75	0.16	3.8	96.2	0.0	0.39	0.64	0.73	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22170	2747	2	0	6	0	0	logfile
✘	8FCN	28987	2025-06-29	2022-12-01	2.95	3.93	4.11	3.5	0.010	0.82	0.0	0.06	12.73	0.00	2.403	0.65	0.11	1.2	98.7	0.1	0.17	0.76	0.64	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35034	4446	18	0	12	0	0	logfile
✘	8BRJ	16217	2025-06-14	2022-11-23	4.08	4.17	4.07	4.0	0.003	0.64	0.0	0.04	13.33	0.00	2.086	18.92	0.17	6.9	92.7	0.4	-0.95	0.72	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11627	1582	3	0	0	0	0	logfile
✘	8HiM	34821	2025-06-20	2022-11-21	2.8	2.61	2.84	2.6	0.010	1.08	1.0	0.06	17.53	0.01	2.173	6.40	0.60	5.7	94.2	0.1	-3.49	0.73	0.83	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23948	2849	18	63	7	0	0	logfile
✘	8Hio	34824	2025-06-06	2022-11-21	3.73	4.15	3.85	4.0	0.005	0.88	0.0	0.04	18.51	0.00	1.744	10.33	0.00	2.8	97.2	0.0	2.22	0.74	0.74	0.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6681	719	5	47	2	0	0	logfile
✘	8HGP	34745	2025-06-08	2022-11-15	4.53	2.79	4.46	2.3	0.003	0.70	0.0	0.05	10.20	0.01	2.270	3.98	0.20	8.5	91.5	0.0	-3.92	0.66	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9169	1172	6	0	8	0	0	logfile
✘	8HFC	34717	2025-06-04	2022-11-10	3.5	3.66	3.40	3.6	0.008	0.78	0.0	0.05	18.01	0.00	2.164	9.17	3.88	6.5	93.3	0.2	-2.90	0.68	0.82	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4007	498	3	0	3	0	0	logfile
✘	8BMP	16120	2025-06-06	2022-11-10	3.2	3.48	3.25	3.5	0.003	0.64	0.0	0.04	14.23	0.00	2.246	6.03	0.00	2.5	97.5	0.0	0.66	0.69	0.84	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	989	6	0	3	0	0	logfile
✘	8HBF	34627	2025-06-07	2022-10-28	3.1	3.32	—	3.3	0.011	0.84	1.0	0.05	15.94	0.01	1.951	9.76	0.46	3.2	96.6	0.2	-0.23	0.73	0.82	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8448	1095	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2025-06-10	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2025-06-05	2022-10-21	3.07	3.23	3.01	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H86	34530	2025-06-06	2022-10-21	2.56	2.71	2.57	2.7	0.015	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 40
• next →