Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BC1	15959	2025-06-07	2022-10-14	2.93	3.48	2.74	3.5	0.002	0.46	0.0	0.04	10.38	0.00	2.265	7.96	3.43	2.9	97.1	0.0	1.53	0.38	0.52	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8684	1054	4	0	6	0	0	logfile
✘	8H4L	34480	2025-06-06	2022-10-10	3.07	2.31	3.09	3.0	0.007	0.90	0.0	0.05	12.79	0.01	2.069	4.07	0.23	4.4	95.6	0.0	-0.34	0.77	0.81	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8171	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EPX	28534	2025-06-13	2022-10-06	3.15	3.30	3.05	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	24.05	0.00	1.297	7.63	4.99	5.1	94.9	0.0	-0.23	0.79	0.84	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15457	1672	14	144	2	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2025-06-21	2022-10-04	4.9	6.49	5.03	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2025-06-06	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.63	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2025-06-21	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.77	—	—	—	-0.04	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2025-06-15	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.04	—	—	—	-0.08	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2025-06-18	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.22	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	8Eii	28157	2025-06-09	2022-09-15	3.12	3.48	3.13	3.4	0.004	0.75	0.0	0.04	15.07	0.01	2.205	9.34	0.10	5.8	94.2	0.0	-2.07	0.70	0.75	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10451	1364	7	0	11	0	0	logfile
✘	8GTQ	34263	2025-06-26	2022-09-08	3.1	3.59	3.36	3.5	0.011	1.26	5.0	0.08	13.56	0.01	1.900	14.36	3.06	7.3	90.8	1.9	-3.05	0.70	0.69	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30519	3759	33	0	75	0	0	logfile
✘	8GSZ	34244	2025-06-05	2022-09-07	3.65	3.14	3.67	3.8	0.006	0.86	0.0	0.05	15.61	0.01	2.241	12.76	0.39	2.7	97.3	0.0	-5.38	0.62	0.76	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	620	2	0	0	0	0	logfile
✘	8GT6	34245	2025-06-05	2022-09-07	3.47	3.69	3.51	3.6	0.011	1.13	0.0	0.06	16.02	0.01	2.322	9.92	0.77	5.1	94.9	0.0	-4.60	0.63	0.82	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4922	618	3	0	1	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2025-06-19	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2025-06-05	2022-09-06	3.7	3.48	2.89	4.2	0.011	1.93	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZS	15770	2025-06-07	2022-09-06	2.9	2.78	2.55	2.8	0.018	1.76	0.0	0.12	16.09	0.01	0.017	1346.67	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.98	0.27	0.40	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9036	1224	36	0	0	0	0	logfile
✘	8GSE	34233	2025-06-06	2022-09-06	3.7	3.78	3.73	3.8	0.005	0.68	0.0	0.05	13.93	0.01	2.246	5.81	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.94	0.43	0.85	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7474	952	5	0	0	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2025-06-20	2022-09-04	4.64	4.06	4.62	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.47	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8EBX	28001	2025-06-23	2022-08-31	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27533	3219	17	80	9	0	0	logfile
✘	8AVD	15679	2025-06-18	2022-08-26	4.42	4.88	4.54	4.5	0.005	1.11	3.0	0.06	13.22	0.01	1.776	15.37	0.00	5.3	94.4	0.4	-0.68	0.80	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12777	1617	9	0	3	0	0	logfile
✘	8GN7	34156	2025-06-16	2022-08-23	3.0	3.00	2.78	3.0	0.003	0.70	0.0	0.04	18.24	0.01	2.001	2.57	8.33	2.7	97.3	0.0	-1.11	0.65	0.83	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17530	2030	20	0	50	0	0	logfile

• ← previous
• Page 19 of 40
• next →