Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8E6W	27928	2025-06-18	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8GN7	34156	2025-06-16	2022-08-23	3.0	3.00	2.78	3.0	0.003	0.70	0.0	0.04	18.24	0.01	2.001	2.57	8.33	2.7	97.3	0.0	-1.11	0.65	0.83	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17530	2030	20	0	50	0	0	logfile
✘	7YVM	34132	2025-06-04	2022-08-19	3.5	3.56	3.30	3.6	0.009	1.77	6.0	0.09	13.48	0.01	2.166	28.59	1.57	9.2	90.3	0.5	-4.19	0.55	0.72	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3126	420	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YVK	34130	2025-06-24	2022-08-19	3.2	3.72	3.25	3.5	0.017	1.33	5.0	0.08	13.29	0.01	2.063	12.69	1.23	5.5	94.2	0.3	-2.67	0.79	0.84	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28809	3750	12	0	36	0	0	logfile
✘	7YVS	34137	2025-06-26	2022-08-19	2.8	3.06	2.88	3.0	0.004	0.60	0.0	0.05	13.86	0.00	2.173	6.15	0.98	4.9	95.1	0.0	-0.49	0.77	0.88	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30593	3856	15	0	21	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2025-06-11	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2025-06-11	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSH	34075	2025-06-11	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	7YR5	34046	2025-06-05	2022-08-08	3.63	3.97	3.62	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	13.92	0.00	2.250	8.97	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.05	0.57	0.78	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	622	2	0	0	0	0	logfile
✘	7YQK	34028	2025-06-12	2022-08-07	3.38	4.15	3.40	3.2	0.005	0.66	0.0	0.04	26.06	0.00	2.105	13.31	0.00	4.6	95.3	0.1	-0.71	0.92	0.87	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13745	987	13	290	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2025-06-09	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2025-06-12	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2025-06-13	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2025-06-13	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2025-06-08	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	3.10	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2025-06-08	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.08	—	—	—	1.46	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	7YNB	33957	2025-06-12	2022-07-30	3.46	3.65	3.47	3.6	0.005	0.72	0.0	0.05	18.41	0.01	2.127	7.12	1.26	11.0	88.8	0.2	-4.52	0.83	0.87	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13847	1536	3	66	0	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-06-08	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	8DT8	27692	2025-06-19	2022-07-25	3.34	3.09	3.26	3.1	0.006	1.04	0.0	0.06	10.60	0.01	2.083	1.13	0.20	2.8	97.2	0.0	0.67	0.71	0.82	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22796	2900	8	0	13	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2025-06-05	2022-07-22	3.5	3.71	3.61	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 20 of 40
• next →