Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DH6	27430	2025-06-11	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	8DG9	27419	2025-06-13	2022-06-23	2.24	2.40	2.34	2.5	0.004	0.67	0.0	0.05	17.36	0.00	2.116	5.15	0.91	2.7	97.3	0.0	-0.16	0.69	0.83	4.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15450	2007	12	0	6	0	0	logfile
✘	8DFV	27415	2025-06-15	2022-06-22	3.06	3.24	3.07	3.2	0.010	1.15	0.0	0.06	16.02	0.01	2.206	10.04	0.00	9.7	90.0	0.3	-2.99	0.68	0.70	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16710	1917	5	60	10	0	0	logfile
✘	7Y4S	33606	2025-06-05	2022-06-16	3.5	3.72	3.46	3.8	0.004	0.74	0.0	0.04	12.74	0.01	2.373	5.20	0.46	2.9	97.1	0.0	1.47	0.69	0.77	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4940	686	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DBZ	27318	2025-06-06	2022-06-15	4.1	4.31	4.13	4.2	0.003	0.74	0.0	0.05	12.61	0.01	2.101	19.43	0.00	6.5	93.4	0.1	-1.42	0.62	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7960	1184	9	0	0	0	0	logfile
✘	8DBi	27285	2025-06-13	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBC	27279	2025-06-12	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	8DBE	27281	2025-06-13	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	8DBK	27287	2025-06-13	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1868	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBJ	27286	2025-06-24	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28992	3708	36	0	60	24	0	logfile
✘	8DBN	27291	2025-06-12	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8DBF	27282	2025-06-25	2022-06-14	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3792	36	0	60	84	0	logfile
✘	8A3B	15110	2025-06-12	2022-06-07	3.1	2.31	2.86	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2025-06-24	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27994	1738	17	0	12	0	13730	logfile
✘	7XZ6	33526	2025-06-14	2022-06-02	2.8	2.66	2.72	2.7	0.003	0.56	0.0	0.04	12.81	0.00	2.078	5.47	0.00	1.3	98.7	0.0	1.92	0.60	0.75	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16458	1052	6	0	1	1	8192	logfile
✘	8D1G	27129	2025-06-15	2022-05-27	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16201	1735	15	0	61	620	0	logfile
✘	7XW2	33489	2025-06-06	2022-05-26	3.04	3.31	3.11	3.3	0.007	1.05	2.0	0.07	17.35	0.01	1.891	7.50	0.92	4.8	95.2	0.0	-3.30	0.66	0.71	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6992	725	3	54	2	0	0	logfile
✘	7ZZ3	15033	2025-06-29	2022-05-25	2.41	2.71	2.40	2.4	0.006	0.86	0.0	0.05	17.24	0.00	2.065	4.87	1.75	2.5	97.5	0.0	-1.03	0.93	0.90	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34427	4311	12	0	26	166	0	logfile
✘	8CZE	27096	2025-06-10	2022-05-24	2.58	3.35	2.73	3.2	0.004	0.55	0.0	0.03	25.81	0.00	2.285	3.74	0.32	1.9	98.1	0.0	2.43	0.86	0.86	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12029	763	10	292	0	0	0	logfile
✘	8CYi	27078	2025-06-13	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile

• ← previous
• Page 22 of 40
• next →