Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZWC	14996	2025-06-12	2022-05-19	3.2	3.57	3.12	3.3	0.003	0.53	0.0	0.04	18.42	0.00	2.067	7.82	0.00	3.7	96.3	0.0	1.08	0.74	0.80	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13944	1500	11	83	2	0	0	logfile
✘	8CWo	27028	2025-06-28	2022-05-19	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34342	1508	16	1044	66	1	0	logfile
✘	7XSR	33432	2025-06-15	2022-05-15	2.97	2.20	2.90	2.0	0.010	1.03	0.0	0.07	18.28	0.01	2.268	3.17	3.94	5.7	94.2	0.1	-2.57	0.80	0.79	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16907	1963	5	49	4	0	0	logfile
✘	7UY5	26863	2025-06-23	2022-05-06	3.5	3.20	3.49	3.3	0.002	0.46	0.0	0.04	18.10	0.00	2.182	6.99	0.04	2.8	97.2	0.0	0.64	0.76	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25772	2690	13	170	2	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2025-06-06	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.01	—	—	—	1.91	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7ZR9	14887	2025-06-27	2022-05-03	4.0	4.37	4.11	4.1	0.007	0.91	3.0	0.05	10.86	0.01	2.158	8.55	1.22	3.7	96.2	0.1	-0.10	0.81	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31014	3899	24	0	54	0	0	logfile
✘	7XoH	33348	2025-06-12	2022-05-01	3.6	3.64	3.55	3.6	0.004	0.58	0.0	0.04	12.55	0.00	2.005	32.89	4.34	10.6	89.3	0.1	-4.16	0.72	0.83	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13524	1832	8	0	4	0	0	logfile
✘	7XoE	33346	2025-06-22	2022-05-01	3.9	4.40	3.91	3.9	0.012	1.60	6.0	0.10	21.16	0.01	1.596	15.70	15.63	13.6	85.3	1.1	-4.45	0.82	0.80	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25587	3210	18	0	45	0	0	logfile
✘	7XNR	33324	2025-06-23	2022-04-29	3.49	3.73	3.52	3.7	0.004	0.65	0.0	0.05	15.33	0.00	2.085	8.92	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.28	0.75	0.73	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26460	3285	21	0	57	0	0	logfile
✘	7ZPR	14862	2025-06-18	2022-04-28	3.56	3.13	3.58	3.6	0.005	0.80	4.0	0.05	14.45	0.00	1.919	9.58	0.89	2.3	97.5	0.2	1.50	0.59	0.77	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21350	2766	24	0	20	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2025-06-13	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7UTJ	26772	2025-06-21	2022-04-27	2.77	3.05	2.85	3.1	0.009	0.91	0.0	0.06	16.79	0.01	1.927	7.51	3.88	3.1	96.9	0.0	0.03	0.67	0.85	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24591	3156	24	0	12	21	0	logfile
✘	7XMU	33305	2025-06-13	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	7USL	26738	2025-06-22	2022-04-25	2.7	2.28	—	1.9	0.004	0.62	0.0	0.05	13.60	0.00	2.106	5.30	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.47	0.75	0.73	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19065	2464	10	0	49	0	0	logfile
✘	7XK2	33241	2025-06-07	2022-04-19	3.1	3.31	3.12	3.3	0.005	1.02	0.0	0.06	16.48	0.01	2.251	6.29	0.32	6.7	93.3	0.0	-2.41	0.64	0.76	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8791	1128	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-06-06	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7XiC	33202	2025-06-25	2022-04-12	3.3	3.72	3.48	3.6	0.010	1.43	0.0	0.08	10.86	0.01	1.933	11.05	1.40	5.6	92.5	1.8	-2.01	0.67	0.65	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29941	3706	31	0	71	0	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-06-06	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-06-06	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	869	8	24	5	232	0	logfile
✘	7XGY	33189	2025-06-04	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 40
• next →