cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5U4J	8506	2025-06-10	2016-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11360	524	10	339	0	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2025-06-04	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	3JA8	6338	2025-06-25	2015-05-09	3.8	3.83	—	3.8	0.015	1.65	0.0	0.06	10.98	0.01	1.749	29.23	0.37	7.9	91.0	1.1	-4.26	0.68	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29838	3786	12	0	6	0	0	logfile
✘	3J9S	6272	2025-06-08	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.021	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	3J9J	5778	2025-06-17	2015-02-02	3.275	3.52	3.23	3.6	0.015	1.08	0.0	0.09	9.35	0.01	2.266	2.70	0.00	3.3	94.5	2.2	-0.65	0.53	0.57	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21068	1260	4	0	0	0	10624	logfile
✘	3J5Q	5776	2025-06-16	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	12	0	44	0	292	logfile
✘	3A5X	1641	2025-06-04	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile