Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6MG8	9111	2025-06-06	2018-09-13	3.6	3.81	3.39	3.7	0.006	0.75	0.0	0.06	12.86	0.00	2.157	8.79	0.00	8.0	92.0	0.0	-3.49	0.71	0.81	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7034	985	2	0	4	0	0	logfile
✘	6MCB	9066	2025-06-13	2018-08-31	3.4	3.80	—	3.7	0.010	1.14	0.0	0.06	17.61	0.01	2.253	5.63	0.65	7.2	92.7	0.1	-4.48	0.76	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14187	1487	3	115	1	0	0	logfile
✘	6H67	0146	2025-06-29	2018-07-26	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33803	4140	22	43	7	0	0	logfile
✘	6E2G	8962	2025-06-18	2018-07-11	3.6	4.05	—	3.9	0.010	1.21	0.0	0.06	11.96	0.01	2.249	4.51	1.05	12.4	87.2	0.4	-5.78	0.69	0.83	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21108	2637	7	0	6	0	0	logfile
✘	6DW1	8923	2025-06-07	2018-06-26	3.1	3.36	—	3.3	0.006	0.99	0.0	0.06	18.01	0.01	2.304	4.67	0.00	5.7	94.3	0.0	-3.70	0.68	0.82	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1046	13	0	24	0	0	logfile
✘	6DJM	7936	2025-06-10	2018-05-25	3.1	3.26	—	3.2	0.010	1.01	0.0	0.06	11.49	0.01	2.069	3.69	0.00	4.2	95.8	0.0	-4.16	0.67	0.84	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11768	1488	12	0	8	4	0	logfile
✘	6CRV	7573	2025-06-18	2018-03-19	3.2	3.31	3.17	3.3	0.013	1.12	0.0	0.06	11.02	0.01	2.170	4.36	0.26	4.1	95.9	0.0	-3.09	0.74	0.81	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21036	2643	15	0	39	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2025-06-13	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2025-06-18	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2025-06-14	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-06-08	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	6BTM	7286	2025-06-16	2017-12-07	3.4	3.76	—	3.8	0.022	1.47	0.0	0.36	11.99	0.01	1.991	1.71	0.15	7.3	92.7	0.0	-2.53	0.64	0.77	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18934	2361	9	0	10	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2025-06-28	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.014	1.70	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2025-06-28	2017-06-23	4.8	4.91	5.08	4.7	0.016	1.58	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.79	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5NiK	3652	2025-06-29	2017-03-24	3.3	3.47	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.04	10.30	0.01	0.941	22.00	0.24	6.4	91.6	1.9	-1.88	0.64	0.59	1.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35215	4582	11	0	0	0	0	logfile
✘	5UoW	8579	2025-06-28	2017-02-01	4.5	8.74	—	7.2	0.012	1.94	17.0	0.10	14.83	0.02	1.072	54.88	10.98	4.5	94.5	1.0	-0.55	0.64	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24347	3186	16	0	446	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2025-06-04	2017-01-25	4.5	7.89	—	4.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5X0X	6699	2025-06-14	2017-01-23	3.97	4.11	—	4.0	0.011	0.96	0.0	0.05	24.67	0.00	1.986	28.08	0.17	9.1	90.5	0.5	-5.29	0.84	0.75	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16748	1344	11	292	0	0	0	logfile
✘	5UK0	8562	2025-06-29	2017-01-19	4.8	5.42	—	5.2	0.010	1.28	0.0	0.06	12.08	0.01	2.096	3.58	0.16	8.3	91.6	0.1	-3.58	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5UCY	8539	2025-06-21	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.029	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile

• ← previous
• Page 39 of 40
• next →