Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6R3Q	4719	2025-06-08	2019-03-20	3.4	3.77	—	3.5	0.011	1.24	0.0	0.07	12.61	0.01	2.080	5.88	0.58	6.7	93.3	0.0	-3.70	0.79	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9529	1182	3	0	2	0	0	logfile
✘	6o9Z	0664	2025-06-22	2019-03-15	3.03	3.58	—	3.5	0.008	0.93	0.0	0.05	12.41	0.01	2.192	12.43	0.48	4.2	95.8	0.0	-3.03	0.65	0.81	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25788	3605	12	0	0	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2025-06-26	2019-03-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2025-06-25	2019-02-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	6QNU	4609	2025-06-06	2019-02-12	3.8	3.99	—	3.9	0.004	0.91	0.0	0.06	13.91	0.01	2.324	3.68	0.61	10.0	90.0	0.0	-4.05	0.77	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7250	920	5	0	0	0	0	logfile
✘	6NEF	9357	2025-06-25	2018-12-17	3.4	3.55	—	3.5	0.027	1.83	0.0	0.07	16.56	0.01	1.696	41.21	0.04	24.1	72.2	3.7	-6.35	0.42	0.36	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29457	3663	18	0	63	0	0	logfile
✘	6iWW	9743	2025-06-09	2018-12-08	3.9	3.82	—	3.8	0.008	1.09	0.0	0.06	13.48	0.01	2.301	5.79	0.00	4.2	95.8	0.0	-4.19	0.63	0.81	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10227	1386	9	0	3	0	0	logfile
✘	6NB3	0401	2025-06-27	2018-12-06	3.5	3.78	—	3.7	0.015	1.42	3.0	0.09	17.22	0.01	2.139	1.17	0.41	2.7	97.1	0.2	0.07	0.77	0.74	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30960	3757	54	0	160	0	0	logfile
✘	6N9W	0381	2025-06-17	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2025-06-17	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	6N9U	0379	2025-06-08	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N9V	0380	2025-06-19	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2025-06-06	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6iAW	4440	2025-06-18	2018-11-27	3.8	3.45	—	4.0	0.008	1.27	0.0	0.07	12.85	0.01	1.440	9.19	1.42	11.7	88.1	0.2	-4.49	0.81	0.81	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21929	2579	18	0	210	0	0	logfile
✘	6iTC	9731	2025-06-12	2018-11-21	3.45	3.58	—	3.5	0.016	1.49	5.0	0.08	13.87	0.01	1.574	8.12	1.02	9.0	90.9	0.1	-4.38	0.69	0.77	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13844	1738	10	0	6	0	0	logfile
✘	6iQW	9708	2025-06-15	2018-11-09	3.35	3.98	—	3.9	0.007	1.05	1.0	0.06	16.46	0.01	1.757	8.27	0.35	13.5	86.1	0.4	-4.93	0.60	0.74	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16935	2073	8	24	1	0	0	logfile
✘	6MZV	9308	2025-06-28	2018-11-05	3.4	3.57	—	3.5	0.006	0.73	0.0	0.05	8.48	0.01	2.343	7.17	0.34	3.4	96.6	0.0	-4.51	0.79	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	6MUS	9254	2025-06-18	2018-10-23	3.6	3.63	—	3.6	0.010	1.15	1.0	0.06	14.04	0.01	1.904	11.01	0.55	8.1	91.8	0.1	-5.22	0.76	0.75	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20864	2529	14	58	4	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2025-06-18	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.019	2.53	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-06-04	2018-09-26	3.2	2.74	2.88	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 38 of 40
• next →