Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oXL	20220	2025-06-12	2019-05-13	3.5	3.82	3.61	3.7	0.010	1.09	0.0	0.06	9.34	0.01	2.236	6.62	0.06	5.6	94.4	0.0	-5.46	0.81	0.84	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14413	1808	6	0	7	0	0	logfile
✘	6oVH	20212	2025-06-09	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6K0A	30036	2025-06-19	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.006	0.79	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6oT1	20191	2025-06-27	2019-05-02	3.5	4.13	3.54	3.9	0.007	1.07	0.0	0.06	18.25	0.01	2.015	6.65	0.72	8.9	91.1	0.0	-4.15	0.80	0.85	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32247	3867	75	0	156	0	0	logfile
✘	6oSY	20189	2025-06-28	2019-05-02	4.3	4.54	4.35	4.4	0.014	1.61	0.0	0.09	20.54	0.01	2.290	6.39	2.64	9.6	90.4	0.0	-3.58	0.77	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32463	3834	78	0	186	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2025-06-14	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-06-04	2019-04-29	3.2	4.49	2.13	19.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	6oPC	20149	2025-06-26	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6RiD	4889	2025-06-23	2019-04-23	2.9	2.97	2.84	2.9	0.007	0.87	0.0	0.05	14.32	0.01	2.078	3.52	0.14	3.6	96.4	0.0	-2.89	0.80	0.85	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26705	3223	14	34	5	0	0	logfile
✘	6oN2	20133	2025-06-20	2019-04-19	3.0	2.42	2.92	2.9	0.006	0.98	0.0	0.06	10.37	0.01	2.073	6.77	0.42	3.8	96.1	0.0	-3.98	0.84	0.83	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24350	3130	13	0	11	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2025-06-23	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2025-06-19	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6RB9	4789	2025-06-11	2019-04-09	3.2	3.30	3.19	3.2	0.010	0.82	0.0	0.05	13.72	0.00	2.049	17.66	1.42	15.9	84.1	0.0	-5.55	0.79	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13391	1736	7	0	0	0	0	logfile
✘	6RAH	4775	2025-06-09	2019-04-06	2.8	2.99	3.01	2.9	0.008	1.57	9.0	0.09	10.60	0.01	2.022	9.87	0.00	2.1	97.7	0.2	-2.51	0.72	0.81	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10161	1277	7	0	4	4	0	logfile
✘	6R9B	4769	2025-06-22	2019-04-03	3.8	3.76	—	3.6	0.006	0.88	1.0	0.06	9.76	0.01	2.296	4.54	0.70	8.0	91.8	0.2	-4.57	0.63	0.51	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25880	3401	7	0	0	0	0	logfile
✘	6R94	4768	2025-06-19	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R93	4767	2025-06-19	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	0	10171	logfile
✘	6R81	4749	2025-06-07	2019-03-30	3.9	4.63	—	4.4	0.013	1.50	6.0	0.07	16.77	0.01	1.538	14.26	1.25	11.5	88.1	0.4	-5.27	0.71	0.82	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8861	1141	4	0	4	0	0	logfile
✘	6oEM	20030	2025-06-17	2019-03-27	3.6	4.06	—	3.6	0.004	0.60	0.0	0.04	20.02	0.00	1.897	7.75	2.19	4.6	95.4	0.0	-2.82	0.87	0.77	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19707	2000	12	206	4	0	0	logfile
✘	6JP5	9866	2025-06-19	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.019	1.77	4.0	0.13	16.26	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile

• ← previous
• Page 37 of 40
• next →