Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6U5H	20646	2025-06-06	2019-08-27	4.0	3.67	—	3.7	0.005	1.07	0.0	0.06	8.74	0.01	2.234	9.36	0.39	13.6	86.4	0.0	-5.23	0.41	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7326	954	3	0	0	0	0	logfile
✘	6U1N	20612	2025-06-05	2019-08-16	4.0	4.36	—	4.0	0.008	0.81	0.0	0.04	12.15	0.00	2.198	17.99	0.00	7.8	92.2	0.0	-4.67	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5863	864	5	0	1	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2025-06-07	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6Q04	20542	2025-06-25	2019-08-01	2.5	2.89	—	2.9	0.026	2.05	20.0	0.15	15.99	0.01	2.256	1.55	0.91	1.6	98.3	0.1	0.58	0.74	0.78	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28911	3477	39	0	135	234	0	logfile
✘	6PW6	20500	2025-06-14	2019-07-22	4.5	4.56	4.38	4.5	0.022	1.86	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PVQ	20497	2025-06-15	2019-07-21	4.75	4.68	—	4.6	0.008	1.32	0.0	0.06	13.01	0.01	2.244	9.74	1.15	14.4	85.2	0.4	-5.23	0.66	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17640	2160	4	0	0	0	0	logfile
✘	6KiU	9998	2025-06-23	2019-07-20	3.2	3.29	—	3.2	0.008	0.86	0.0	0.05	22.07	0.01	2.178	3.22	0.00	6.6	93.4	0.0	-3.67	0.72	0.78	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20503	1838	16	290	2	0	0	logfile
✘	6PUT	20481	2025-06-09	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.012	0.83	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6S8G	10121	2025-06-09	2019-07-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7530	957	7	0	3	0	0	logfile
✘	6PQo	20449	2025-06-18	2019-07-09	2.88	3.25	2.80	3.2	0.012	1.30	0.0	0.08	18.20	0.03	2.222	7.38	0.58	3.5	96.5	0.0	-2.93	0.57	0.72	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20312	2448	12	0	36	0	0	logfile
✘	6PPJ	20440	2025-06-10	2019-07-07	3.5	3.54	—	3.5	0.017	1.32	2.0	0.06	11.63	0.01	2.202	9.16	1.82	7.3	92.7	0.0	-5.81	0.81	0.86	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12004	1672	7	0	79	0	0	logfile
✘	6PP5	20419	2025-06-27	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6PP7	20421	2025-06-28	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6PoE	20413	2025-06-27	2019-07-03	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.95	0.0	0.06	16.22	0.01	2.049	7.37	11.53	7.2	92.6	0.1	-4.29	0.72	0.72	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31812	4084	8	0	4	3	0	logfile
✘	6PLW	20378	2025-06-12	2019-07-01	3.0	3.83	—	3.5	0.010	1.03	0.0	0.06	13.32	0.01	2.276	5.10	0.00	3.5	96.5	0.0	-4.80	0.76	0.88	4.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14095	1730	15	0	20	0	0	logfile
✘	6PKW	20368	2025-06-23	2019-06-30	4.5	4.77	—	4.4	0.007	0.94	0.0	0.05	9.19	0.01	2.239	4.10	0.00	5.8	94.2	0.0	-3.48	0.66	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26262	4056	8	0	88	0	0	logfile
✘	6S1N	10081	2025-06-17	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2025-06-17	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6PBX	20294	2025-06-19	2019-06-14	4.0	4.12	—	4.0	0.006	0.83	0.0	0.05	14.04	0.01	2.264	6.03	0.00	3.8	96.2	0.0	-3.07	0.68	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23028	3152	8	0	0	0	0	logfile
✘	6RQJ	4983	2025-06-13	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.81	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 36 of 40
• next →