Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LMV	0921	2025-06-15	2019-12-26	3.6	3.70	3.53	3.7	0.009	1.01	0.0	0.05	14.13	0.01	2.342	3.51	0.94	6.2	93.8	0.0	-5.49	0.62	0.78	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17766	2223	9	0	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2025-06-19	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6TNZ	10540	2025-06-19	2019-12-10	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22008	2705	11	50	3	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2025-06-20	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6TNY	10539	2025-06-17	2019-12-10	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	10	50	3	0	0	logfile
✘	6V0H	20998	2025-06-14	2019-11-18	3.6	3.82	—	3.9	0.005	0.84	0.0	0.05	9.31	0.01	1.866	4.20	0.00	4.2	95.8	0.0	-3.68	0.71	0.75	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16602	2178	6	0	0	0	0	logfile
✘	6UZ8	20953	2025-06-20	2019-11-14	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23320	2936	8	0	16	0	0	logfile
✘	6UZA	20954	2025-06-20	2019-11-14	3.08	3.47	—	3.4	0.008	1.05	0.0	0.06	15.17	0.01	2.338	2.59	0.00	4.1	95.9	0.0	-3.92	0.70	0.87	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2025-06-09	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2025-06-09	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6UUS	20901	2025-06-08	2019-10-31	2.4	2.10	2.28	2.4	0.002	0.50	0.0	0.04	17.13	0.00	2.214	7.50	3.27	2.8	97.2	0.0	-2.25	0.57	0.73	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9308	1190	7	0	0	0	0	logfile
✘	6T90	10406	2025-06-11	2019-10-25	3.05	3.74	—	3.3	0.023	1.52	0.0	0.09	24.66	0.01	2.459	0.40	0.00	0.3	99.7	0.0	1.02	0.84	0.81	4.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13031	903	19	282	9	0	0	logfile
✘	6T2V	10370	2025-06-20	2019-10-09	3.8	4.58	—	3.8	0.002	0.45	0.0	0.03	13.09	0.01	2.213	4.84	3.02	2.0	98.0	0.0	-3.62	0.88	0.73	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23826	2847	4	54	0	0	0	logfile
✘	6T2U	10369	2025-06-20	2019-10-09	3.6	4.08	—	3.6	0.002	0.48	1.0	0.04	13.11	0.01	2.211	4.80	2.98	2.0	98.0	0.0	-3.59	0.85	0.71	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23826	2847	4	54	0	0	0	logfile
✘	6T2C	10368	2025-06-09	2019-10-08	3.52	3.61	3.52	3.6	0.008	0.76	0.0	0.05	15.43	0.01	2.097	4.19	6.25	5.7	94.2	0.1	-3.65	0.69	0.85	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10700	1255	5	29	1	0	0	logfile
✘	6SWE	10324	2025-06-19	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6U9V	20702	2025-06-23	2019-09-09	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26737	1680	18	3	54	0	12670	logfile
✘	6U9W	20703	2025-06-23	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26952	1686	12	3	42	0	12918	logfile
✘	6U8S	20691	2025-06-20	2019-09-05	3.14	3.91	3.02	3.7	0.012	1.36	0.0	0.07	15.53	0.01	2.257	9.60	9.06	5.1	94.9	0.0	-4.07	0.60	0.79	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23080	3008	16	0	16	0	0	logfile
✘	6U8A	20686	2025-06-17	2019-09-04	3.4	3.52	3.45	3.5	0.008	0.97	0.0	0.05	15.90	0.01	2.296	3.45	0.37	3.6	96.4	0.0	-3.94	0.68	0.82	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20032	2468	7	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 35 of 40
• next →