cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8YGJ	39253	2024-07-23	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	8S5L	19739	2024-07-24	2024-02-23	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27289	1740	8	0	6	0	13603	logfile
✘	8S3E	19691	2024-07-26	2024-02-20	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31585	3800	16	0	68	13	0	logfile
✘	8W2o	43753	2024-07-25	2024-02-20	3.49	3.88	3.52	3.8	0.007	1.00	0.0	0.05	20.62	0.01	1.255	11.79	0.41	4.3	95.5	0.2	0.04	0.78	0.81	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28117	2739	18	330	0	0	0	logfile
✘	8W2L	43751	2024-07-27	2024-02-20	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35797	4056	12	0	65	164	0	logfile
✘	8Y95	39070	2024-07-19	2024-02-06	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9018	1124	4	0	6	0	0	logfile
✘	8Y93	39068	2024-07-19	2024-02-06	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9055	1130	3	0	3	0	0	logfile
✘	8RSC	19476	2024-07-26	2024-01-24	3.6	3.11	4.01	3.3	0.003	0.64	0.0	0.04	15.63	0.00	1.995	6.21	0.11	7.0	92.9	0.0	-1.45	0.68	0.74	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31874	4457	12	0	10	0	0	logfile
✘	8XMH	38477	2024-07-24	2023-12-27	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26948	3444	24	0	16	0	0	logfile
✘	8XMi	38478	2024-07-24	2023-12-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26718	3415	24	0	16	0	0	logfile
✘	8VE5	43165	2024-07-18	2023-12-18	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3382	467	5	0	1	0	0	logfile
✘	8VE6	43166	2024-07-18	2023-12-18	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3178	465	5	0	1	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-07-19	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VAT	43102	2024-07-22	2023-12-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19423	2393	13	31	13	0	0	logfile
✘	8XCG	38242	2024-07-24	2023-12-09	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25941	3312	18	0	3	0	0	logfile
✘	8XCN	38248	2024-07-19	2023-12-09	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8601	1089	5	0	6	0	0	logfile
✘	8XCM	38247	2024-07-19	2023-12-09	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1089	5	0	6	0	0	logfile
✘	8XBX	38232	2024-07-19	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	8V86	43025	2024-07-26	2023-12-04	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33020	1970	25	0	50	65	15835	logfile
✘	8V6V	43002	2024-07-27	2023-12-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	1673	14	294	4	0	17362	logfile