cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WPK	37717	2024-07-22	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2024-07-22	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8WPU	37724	2024-07-22	2023-10-10	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18794	2455	10	0	22	0	0	logfile
✘	8WPG	37716	2024-07-21	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12443	1608	10	0	21	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2024-07-22	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8UHE	42278	2024-07-24	2023-10-09	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27048	3369	37	0	19	0	0	logfile
✘	8WoQ	37695	2024-07-20	2023-10-07	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11218	1294	10	0	35	4	0	logfile
✘	8WoR	37696	2024-07-20	2023-10-07	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11218	1294	10	0	35	4	0	logfile
✘	8QQS	18603	2024-07-28	2023-10-06	2.9	3.14	2.97	3.1	0.004	0.67	0.0	0.05	13.22	0.00	2.211	2.07	0.24	2.7	97.3	0.0	0.40	0.69	0.83	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41912	2524	6	60	0	0	20715	logfile
✘	8UGF	42223	2024-07-26	2023-10-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33551	4113	34	0	32	0	0	logfile
✘	8UGE	42222	2024-07-26	2023-10-05	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33534	4113	33	0	32	0	0	logfile
✘	8UGD	42221	2024-07-26	2023-10-05	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33543	4113	33	0	32	0	0	logfile
✘	8UFB	42190	2024-07-26	2023-10-04	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34656	4476	36	0	20	0	0	logfile
✘	8UFC	42192	2024-07-26	2023-10-04	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33624	4336	28	0	16	0	0	logfile
✘	8WMF	37651	2024-07-28	2023-10-03	2.51	3.17	2.58	3.0	0.003	0.51	0.0	0.04	12.96	0.00	0.000	5.47	0.00	4.3	95.7	0.0	0.17	0.79	0.77	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43235	5370	25	0	90	0	0	logfile
✘	8QPB	18547	2024-07-28	2023-10-01	3.7	3.51	3.59	3.0	0.003	0.52	0.0	0.12	17.31	0.00	2.195	11.56	0.02	3.0	97.0	0.0	0.72	0.69	0.73	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43804	4846	18	220	1	0	0	logfile
✘	8UCD	42124	2024-07-19	2023-09-26	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8058	939	8	0	9	1	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-07-19	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8UC1	42112	2024-07-20	2023-09-25	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10310	1336	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QN6	18508	2024-07-26	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	0	logfile