cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	7EVM	31329	2024-07-19	2021-05-21	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8462	1037	6	0	7	0	logfile
✘	7EV9	31325	2024-07-26	2021-05-20	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17220	2142	15	0	24	0	logfile
✘	7MXo	24074	2024-07-21	2021-05-19	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12832	1644	4	0	4	0	logfile
✘	7oLA	12975	2024-07-22	2021-05-19	3.3	3.85	3.21	3.3	0.004	0.59	0.0	0.04	16.47	0.00	2.023	7.61	0.00	2.7	97.3	0.0	1.22	0.88	0.85	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19719	2394	10	0	7	0	logfile
✘	7oLE	12979	2024-07-24	2021-05-19	3.41	4.34	3.59	3.9	0.013	1.74	25.0	0.10	15.12	0.01	1.337	42.05	0.38	17.2	81.9	0.8	-5.68	0.55	0.26	-0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26995	2899	17	0	1129	0	logfile
✘	7oK0	12960	2024-07-24	2021-05-17	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25636	3234	18	0	8	0	logfile
✘	7oJL	12955	2024-07-21	2021-05-16	3.3	3.67	3.30	3.4	0.003	0.46	0.0	0.04	13.04	0.00	1.827	7.40	2.98	8.2	91.8	0.1	-2.78	0.86	0.82	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12842	1498	4	33	1	0	logfile
✘	7MSX	23971	2024-07-18	2021-05-12	3.15	3.24	3.04	3.2	0.008	0.62	0.0	0.05	10.30	0.00	2.385	0.81	0.00	1.9	98.1	0.0	0.06	0.77	0.85	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3706	473	2	0	3	0	logfile
✘	7oiM	12932	2024-07-27	2021-05-11	4.0	4.68	3.92	3.7	0.006	1.32	7.0	0.07	14.13	0.01	2.069	5.16	0.05	8.1	91.7	0.2	-3.63	0.81	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35597	4426	2	0	6	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2024-07-20	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2024-07-22	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	logfile
✘	7MoA	23922	2024-07-21	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2024-07-20	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	logfile
✘	7oE7	12861	2024-07-20	2021-05-01	3.73	3.95	3.97	3.7	0.002	0.53	0.0	0.04	14.33	0.00	2.084	3.86	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.48	0.79	0.64	0.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11116	1382	2	0	2	0	logfile
✘	7oDF	12827	2024-07-19	2021-04-29	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6847	703	7	78	2	5	logfile
✘	7EPX	31249	2024-07-26	2021-04-28	3.0	3.08	—	3.0	0.011	1.03	0.0	0.07	17.35	0.01	1.934	19.43	10.46	10.9	86.7	2.4	-3.96	0.72	0.78	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30846	3862	33	0	71	0	logfile
✘	7oCF	12806	2024-07-22	2021-04-26	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17088	2298	15	0	30	0	logfile
✘	7EoT	31230	2024-07-24	2021-04-22	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24598	3088	8	0	18	0	logfile
✘	7MJo	23880	2024-07-23	2021-04-20	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19977	2981	13	0	25	0	logfile
✘	7MJP	23881	2024-07-21	2021-04-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14163	2818	10	0	8	0	logfile