cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8W9A	37362	2024-07-20	2023-09-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10289	1245	3	0	1	2	0	logfile
✘	8W9N	37376	2024-07-19	2023-09-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	854	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QFS	18383	2024-07-21	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile
✘	8W6o	37330	2024-07-19	2023-08-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7147	907	4	0	6	0	0	logfile
✘	8W6N	37329	2024-07-19	2023-08-29	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7616	975	4	0	3	0	0	logfile
✘	8W6C	37320	2024-07-19	2023-08-28	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8360	1060	6	0	10	2	0	logfile
✘	8W6H	37323	2024-07-19	2023-08-28	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7268	923	4	0	6	0	0	logfile
✘	8W6D	37321	2024-07-19	2023-08-28	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8304	1058	4	0	6	0	0	logfile
✘	8TZo	41764	2024-07-20	2023-08-27	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8737	1070	7	0	10	0	0	logfile
✘	8TZ2	41731	2024-07-24	2023-08-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24591	1599	9	0	12	6	12165	logfile
✘	8TZ1	41730	2024-07-24	2023-08-26	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24852	1599	9	0	21	6	12165	logfile
✘	8TZB	41753	2024-07-19	2023-08-26	3.1	2.37	—	3.2	0.006	0.65	0.0	0.04	14.68	0.01	2.177	10.41	0.30	5.7	94.1	0.1	-0.33	0.76	0.73	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7283	1012	3	0	1	0	0	logfile
✘	8TZ5	41734	2024-07-24	2023-08-26	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24846	1599	6	0	18	0	12165	logfile
✘	8TZ3	41732	2024-07-24	2023-08-26	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24810	1599	9	0	18	15	12165	logfile
✘	8W41	37260	2024-07-20	2023-08-23	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11859	1455	5	0	7	0	0	logfile
✘	8Ki3	37251	2024-07-27	2023-08-22	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38662	5047	34	0	11	0	0	logfile
✘	8TWi	41668	2024-07-19	2023-08-21	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8096	510	4	0	2	0	4023	logfile
✘	8KHF	37243	2024-07-20	2023-08-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12128	1596	20	0	1	0	0	logfile
✘	8Q99	18272	2024-07-19	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	0	3396	logfile
✘	8TVE	41639	2024-07-19	2023-08-18	3.9	4.16	3.79	4.1	0.013	1.52	0.0	0.09	9.81	0.01	2.433	3.65	0.33	2.2	97.8	0.0	0.30	0.76	0.82	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9090	1227	6	0	6	0	0	logfile