Table showing results for July 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9JLN	61591	2025-07-23	2024-09-19	2.84	3.29	2.98	3.3	0.004	0.66	0.0	0.04	16.02	0.00	2.219	6.62	0.00	3.1	96.9	0.0	1.28	0.55	0.74	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4295	521	2	0	9	0	0	logfile
✘	9GSZ	51559	2025-07-24	2024-09-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6018	383	2	0	1	0	3051	logfile
✘	9GR0	51516	2025-07-25	2024-09-10	2.61	3.37	2.64	3.2	0.003	0.53	0.0	0.05	15.36	0.00	2.191	4.16	0.00	3.8	96.2	0.0	-0.17	0.87	0.85	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7213	903	8	0	4	23	0	logfile
✘	9DiS	46917	2025-07-24	2024-09-05	2.51	2.72	2.54	2.7	0.003	0.56	0.0	0.04	12.98	0.00	2.190	10.64	0.00	2.6	97.4	0.0	0.26	0.62	0.76	5.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5721	741	2	0	0	0	0	logfile
✘	9JD4	61380	2025-07-23	2024-08-30	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4457	551	2	0	12	0	0	logfile
✘	9JBG	61313	2025-07-28	2024-08-27	3.76	3.93	3.74	3.8	0.006	0.98	0.0	0.06	18.84	0.01	2.222	14.25	1.73	5.5	94.5	0.0	-1.18	0.56	0.74	1.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10187	1259	4	0	6	0	0	logfile
✘	9J8V	61241	2025-07-31	2024-08-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13498	1677	3	2	0	0	0	logfile
✘	9D43	46548	2025-07-28	2024-08-12	3.39	4.23	3.39	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	15.66	0.00	2.206	5.57	0.09	3.6	96.4	0.0	1.93	0.90	0.84	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9754	1189	1	0	0	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-07-24	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.5	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	0	logfile
✘	9D2i	46497	2025-07-27	2024-08-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9053	1010	6	50	2	0	0	logfile
✘	9J16	61069	2025-07-25	2024-08-03	3.4	3.63	3.45	3.6	0.007	0.97	0.0	0.06	9.60	0.01	2.342	1.46	0.00	8.2	91.8	0.0	-6.55	0.61	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7458	1008	6	2	0	2	0	logfile
✘	9iY8	60990	2025-07-27	2024-07-30	3.01	2.61	3.04	3.1	0.003	0.79	0.0	0.05	16.61	0.01	2.102	16.87	0.30	4.4	95.6	0.0	0.01	0.82	0.83	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9014	1141	5	0	0	0	0	logfile
✘	9iTo	60873	2025-07-28	2024-07-20	3.3	3.92	3.45	3.7	0.008	0.70	0.0	0.05	16.53	0.01	2.264	8.84	0.95	3.9	96.1	0.0	0.55	0.63	0.80	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9987	1378	16	0	0	0	0	logfile
✘	9iRX	60824	2025-07-23	2024-07-16	3.0	3.17	2.77	3.2	0.009	0.58	0.0	0.03	11.28	0.00	2.197	7.04	0.56	2.4	97.6	0.0	2.29	0.65	0.82	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3509	469	2	0	1	0	0	logfile
✘	9CMH	45748	2025-07-23	2024-07-15	4.0	4.53	4.01	4.1	0.004	0.87	0.0	0.05	14.79	0.00	2.092	27.43	0.77	5.8	94.2	0.0	-1.26	0.61	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3553	466	2	0	0	0	0	logfile
✘	9CHU	45602	2025-07-25	2024-07-02	3.49	3.92	3.50	3.9	0.008	0.89	3.0	0.06	16.11	0.01	2.165	7.85	0.41	6.6	93.4	0.0	-1.06	0.71	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7009	887	5	0	2	0	0	logfile
✘	9CEV	45520	2025-07-31	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	9CEU	45519	2025-07-31	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CET	45518	2025-07-31	2024-06-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14090	596	5	134	1	0	6375	logfile
✘	9CEZ	45524	2025-07-31	2024-06-27	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13540	600	6	115	3	3	6178	logfile

• ← previous
• Page 2 of 18
• next →