Table showing results for July 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9CEU	45519	2025-07-31	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CDE	45469	2025-07-25	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.012	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.67	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	0	logfile
✘	9CDC	45467	2025-07-29	2024-06-24	3.08	3.33	3.12	3.4	0.102	1.66	0.0	0.21	26.76	0.01	0.000	21.66	1.95	5.0	95.0	0.0	0.78	0.48	0.62	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11410	1200	10	0	40	100	0	logfile
✘	9CB3	45413	2025-07-24	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-07-25	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-07-25	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C9Y	45376	2025-07-24	2024-06-16	3.35	2.51	3.35	2.2	0.005	0.66	0.0	0.04	16.02	0.01	2.041	6.79	0.15	6.0	93.9	0.1	-0.01	0.77	0.79	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6225	773	4	8	2	0	0	logfile
✘	8ZU1	60478	2025-07-24	2024-06-07	2.84	3.04	2.87	3.0	0.004	0.57	0.0	0.04	13.12	0.00	2.118	8.41	0.00	2.3	97.7	0.0	0.58	0.66	0.78	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5009	618	1	0	0	0	0	logfile
✘	9C51	45194	2025-07-27	2024-06-05	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9235	1010	5	58	2	0	0	logfile
✘	9C52	45195	2025-07-27	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	0	logfile
✘	9C53	45196	2025-07-27	2024-06-05	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9060	1011	6	50	2	0	0	logfile
✘	9FKN	50523	2025-07-25	2024-06-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7921	508	3	0	1	0	3969	logfile
✘	8ZQC	60382	2025-07-27	2024-06-01	3.4	4.14	3.45	3.7	0.004	0.66	0.0	0.04	22.96	0.00	2.198	11.47	0.83	6.3	93.6	0.1	0.38	0.86	0.78	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9680	930	4	99	0	0	0	logfile
✘	8Zoo	60314	2025-07-24	2024-05-29	3.14	3.95	3.22	3.7	0.004	0.57	0.0	0.04	17.43	0.00	2.257	7.52	0.00	1.7	98.3	0.0	1.66	0.76	0.83	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6272	829	3	0	1	0	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-07-29	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	0	logfile
✘	8ZME	60244	2025-07-26	2024-05-23	3.2	2.38	3.21	2.2	0.008	0.87	0.0	0.05	12.33	0.01	2.000	2.58	0.00	4.7	95.3	0.0	-0.71	0.74	0.75	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8687	1143	5	0	0	0	0	logfile
✘	8ZMS	60255	2025-07-23	2024-05-23	3.7	3.97	3.82	4.0	0.007	1.15	0.0	0.05	9.68	0.01	2.349	3.51	0.00	5.0	95.0	0.0	-3.71	0.44	0.76	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2920	386	2	0	1	0	0	logfile
✘	8ZKo	60201	2025-07-24	2024-05-17	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6066	772	4	0	3	0	0	logfile
✘	8ZJ4	60137	2025-07-26	2024-05-14	2.67	2.69	3.01	1.8	0.005	0.95	1.0	0.07	17.14	0.01	2.083	10.59	2.07	6.1	93.6	0.3	-0.29	0.58	0.47	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8734	1070	15	0	35	0	0	logfile
✘	8ZFE	60058	2025-07-23	2024-05-07	2.56	2.41	2.34	2.2	0.008	0.76	1.0	0.06	12.27	0.01	2.278	10.52	0.48	8.2	91.8	0.0	-2.16	0.80	0.80	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2198	293	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 18
• next →