Table showing results for July 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9F76	50247	2025-07-28	2024-05-03	3.1	2.22	2.66	2.0	0.002	0.53	0.0	0.04	12.28	0.01	2.235	5.77	0.18	2.4	97.6	0.0	1.12	0.81	0.82	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10179	1258	1	0	0	0	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-07-24	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.76	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Z7U	39828	2025-07-23	2024-04-21	3.1	3.31	3.03	3.3	0.014	0.90	1.0	0.05	19.01	0.01	2.218	15.72	0.90	3.1	96.9	0.0	-0.32	0.58	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3135	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	9BH9	44537	2025-07-31	2024-04-19	3.5	3.53	3.41	3.5	0.003	0.68	0.0	0.05	15.03	0.01	2.362	1.75	0.07	0.6	99.4	0.0	-2.11	0.72	0.76	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13155	1574	4	50	0	0	0	logfile
✘	9BHA	44538	2025-07-31	2024-04-19	3.5	3.62	3.42	3.6	0.003	0.65	0.0	0.04	15.47	0.01	2.343	1.70	0.00	0.5	99.4	0.1	-1.83	0.72	0.77	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13264	1586	4	49	0	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-07-24	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	9EXH	50038	2025-07-28	2024-04-08	3.9	4.64	4.04	4.1	0.002	0.41	0.0	0.04	8.92	0.00	2.199	7.78	0.29	3.7	96.3	0.0	0.79	0.92	0.85	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9728	1205	1	0	0	0	0	logfile
✘	9EX6	50031	2025-07-31	2024-04-05	2.35	2.22	2.31	2.3	0.006	1.19	0.0	0.09	13.57	0.01	2.343	2.39	0.37	2.3	97.7	0.0	-0.45	0.68	0.85	5.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13115	1550	15	0	35	20	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-07-28	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1153	8	36	2	0	0	logfile
✘	9B89	44335	2025-07-25	2024-03-29	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	817	5	36	6	0	0	logfile
✘	9B87	44334	2025-07-29	2024-03-29	2.65	2.86	2.66	2.9	0.009	1.10	2.0	0.07	14.68	0.01	2.266	3.35	0.62	2.6	97.4	0.0	-0.97	0.61	0.65	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10912	1352	4	0	0	0	0	logfile
✘	9B84	44332	2025-07-25	2024-03-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6982	739	5	58	6	0	0	logfile
✘	9B83	44331	2025-07-24	2024-03-28	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6418	735	5	31	6	0	0	logfile
✘	9B2Z	44118	2025-07-24	2024-03-18	2.83	3.06	2.86	3.0	0.007	0.81	0.0	0.05	15.83	0.01	2.200	8.50	0.18	3.4	96.6	0.0	-0.65	0.64	0.77	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5506	711	4	0	4	0	0	logfile
✘	9EoZ	19870	2025-07-31	2024-03-16	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14100	1033	11	288	0	0	0	logfile
✘	9ENP	19837	2025-07-29	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-07-24	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	8YMP	39402	2025-07-27	2024-03-09	2.6	3.14	2.77	3.2	0.008	1.42	12.0	0.09	25.41	0.01	2.057	14.00	37.57	10.6	87.2	2.2	-3.93	0.45	0.50	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9570	1184	4	0	2	0	0	logfile
✘	9AU8	43874	2025-07-24	2024-02-28	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5393	641	4	15	2	0	0	logfile
✘	8YH6	39282	2025-07-26	2024-02-27	3.62	4.12	—	3.7	0.013	1.51	0.0	0.09	14.43	0.03	2.215	12.85	0.94	4.9	95.0	0.1	-2.37	0.57	0.50	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8706	1104	6	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 18
• next →