Table showing results for July 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8YA0	39087	2025-07-31	2024-02-07	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13920	1755	9	0	4	0	0	logfile
✘	8YA2	39088	2025-07-31	2024-02-07	3.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12899	1624	8	0	4	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2025-07-25	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-07-24	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y9C	39073	2025-07-31	2024-02-06	3.0	3.24	3.07	3.2	0.003	0.49	0.0	0.04	14.35	0.00	2.211	7.37	0.46	3.7	96.3	0.0	1.00	0.71	0.78	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13400	1674	3	0	1	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-07-25	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-07-23	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	8VV0	43546	2025-07-31	2024-01-30	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13250	1580	15	0	30	0	0	logfile
✘	8VT3	43517	2025-07-28	2024-01-25	3.33	3.63	3.39	3.6	0.011	0.88	0.0	0.06	18.19	0.01	2.153	4.40	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.58	0.79	0.87	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10758	1377	15	0	18	0	0	logfile
✘	8Y2D	38851	2025-07-23	2024-01-25	2.8	2.99	2.86	3.0	0.003	0.51	0.0	0.04	16.29	0.00	2.240	3.59	0.00	4.2	95.8	0.0	1.06	0.63	0.86	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4189	528	2	0	4	4	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-07-23	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8XSR	38626	2025-07-27	2024-01-09	2.93	3.12	2.93	3.1	0.006	1.03	0.0	0.05	10.79	0.00	1.972	13.22	0.73	7.7	92.1	0.3	-5.75	0.63	0.86	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9130	1190	4	0	4	0	0	logfile
✘	8XSE	38617	2025-07-31	2024-01-09	2.5	2.23	2.61	2.0	0.004	0.65	0.0	0.04	17.93	0.01	2.174	6.64	5.41	5.6	94.3	0.1	-0.52	0.79	0.79	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8120	1065	6	0	1	0	0	logfile
✘	8XQC	38573	2025-07-25	2024-01-05	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7233	842	4	24	3	0	0	logfile
✘	8XQ6	38567	2025-07-25	2024-01-04	3.36	2.35	3.32	3.1	0.005	0.79	0.0	0.05	13.25	0.01	2.301	4.44	4.56	3.8	96.2	0.0	-1.53	0.70	0.78	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8063	1020	1	0	0	0	0	logfile
✘	8RL6	19332	2025-07-24	2024-01-02	3.18	2.29	3.42	2.9	0.003	0.55	0.0	0.04	13.54	0.00	2.207	9.09	0.00	1.4	98.6	0.0	1.86	0.61	0.58	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6493	436	2	0	1	0	3217	logfile
✘	8RLA	19336	2025-07-26	2024-01-02	3.03	2.57	3.09	3.1	0.002	0.54	0.0	0.04	13.05	0.00	2.009	10.36	0.00	2.0	98.0	0.0	0.42	0.73	0.71	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8304	560	3	0	1	0	4091	logfile
✘	8XJL	38400	2025-07-26	2023-12-21	2.77	2.89	2.74	2.9	0.004	0.48	0.0	0.04	10.36	0.00	2.225	5.03	1.05	1.1	98.9	0.0	1.28	0.70	0.80	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8846	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	8VDo	43152	2025-07-30	2023-12-16	2.7	2.95	2.74	3.0	0.005	0.72	0.0	0.04	15.24	0.00	2.198	9.48	0.45	0.9	99.1	0.0	1.94	0.61	0.73	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12691	1740	1	0	0	0	0	logfile
✘	8RHG	19175	2025-07-31	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 18
• next →