Table showing results for July 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RHG	19175	2025-07-31	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8VBE	43122	2025-07-26	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-07-26	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2025-07-27	2023-12-12	3.29	3.69	3.32	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-07-25	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8XCi	38244	2025-07-27	2023-12-09	3.57	3.94	3.60	3.9	0.017	2.34	11.0	0.11	19.30	0.01	1.529	43.22	14.39	14.1	82.6	3.3	-3.74	0.52	0.82	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1143	3	0	0	0	0	logfile
✘	8R8U	19011	2025-07-28	2023-11-30	3.1	3.24	3.12	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	16.32	0.00	1.792	4.52	0.00	2.4	97.6	0.0	0.37	0.75	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1280	6	0	12	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-07-23	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8V3R	42951	2025-07-23	2023-11-28	3.4	3.53	3.28	3.5	0.013	1.58	0.0	0.09	12.46	0.01	1.701	1.56	0.24	2.2	97.8	0.0	-0.46	0.66	0.75	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3953	503	4	0	5	0	0	logfile
✘	8R7N	18984	2025-07-31	2023-11-26	3.4	4.11	3.43	3.5	0.006	0.77	0.0	0.04	21.13	0.00	2.108	18.05	0.26	6.1	93.8	0.2	-0.91	0.78	0.69	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13171	1324	13	114	0	0	0	logfile
✘	8V28	42901	2025-07-30	2023-11-22	3.36	3.62	3.37	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	27.27	0.00	2.295	5.26	0.56	2.7	97.3	0.0	2.83	0.89	0.88	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12659	845	11	290	0	0	0	logfile
✘	8V1Q	42887	2025-07-30	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V1R	42888	2025-07-30	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8X64	38079	2025-07-23	2023-11-20	3.4	4.16	3.78	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8R64	18946	2025-07-31	2023-11-20	3.2	3.36	3.33	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8X52	38059	2025-07-29	2023-11-16	2.9	3.11	2.86	3.3	0.017	1.46	7.0	0.07	14.34	0.01	1.598	7.57	0.88	4.7	95.2	0.2	-3.49	0.49	0.63	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10907	1334	14	0	25	0	0	logfile
✘	8X2K	38015	2025-07-26	2023-11-09	3.03	3.27	3.08	3.3	0.005	0.73	2.0	0.05	14.07	0.00	1.909	7.35	0.77	4.9	95.0	0.1	-0.74	0.69	0.82	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8570	1111	6	0	1	2	0	logfile
✘	8X2N	38018	2025-07-28	2023-11-09	3.18	3.63	3.29	3.6	0.004	0.63	0.0	0.04	13.23	0.00	2.209	9.74	0.26	2.6	97.4	0.0	1.52	0.61	0.84	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10775	1406	2	0	0	0	0	logfile
✘	8UW3	42637	2025-07-30	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8R0P	18800	2025-07-29	2023-10-31	2.44	2.81	2.45	2.8	0.012	1.75	6.0	0.08	13.76	0.02	2.132	7.91	6.64	3.9	96.1	0.0	-3.40	0.66	0.86	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11154	1410	15	0	40	155	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 18
• next →