Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EMR	28262	2024-08-03	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.62	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2024-08-03	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8EKW	28214	2024-08-09	2022-09-22	2.83	3.09	2.98	3.1	0.006	0.66	3.0	0.05	13.69	0.01	2.207	4.83	0.26	3.2	96.8	0.0	0.13	0.70	0.82	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14552	1760	20	0	0	402	0	logfile
✘	8GXZ	34366	2024-08-10	2022-09-21	3.1	2.45	3.10	3.0	0.006	0.54	0.0	0.04	13.92	0.00	1.826	6.59	0.00	4.2	95.8	0.0	0.46	0.54	0.74	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29499	3788	14	0	3	0	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-08-06	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	8EJG	28181	2024-08-04	2022-09-16	3.13	3.83	3.14	3.5	0.025	1.94	3.0	0.17	20.95	0.01	2.106	0.88	0.00	6.4	93.6	0.0	-1.09	0.86	0.81	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9966	1083	36	0	102	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2024-08-06	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.88	—	—	—	0.02	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-08-07	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-08-09	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8EJ3	28174	2024-08-09	2022-09-16	3.13	3.79	3.10	3.4	0.005	0.64	0.0	0.04	22.39	0.01	2.022	5.38	15.79	9.2	89.9	0.9	-2.87	0.90	0.90	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25339	3058	11	78	5	0	0	logfile
✘	8GVE	34291	2024-08-03	2022-09-15	3.17	3.38	3.19	3.4	0.003	0.62	0.0	0.04	14.33	0.01	2.113	5.93	0.00	5.7	94.3	0.0	0.31	0.64	0.80	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8054	1020	2	0	0	0	0	logfile
✘	8EH8	28143	2024-08-09	2022-09-13	3.4	3.50	3.39	3.5	0.004	0.59	0.0	0.04	15.43	0.00	1.203	7.62	3.77	5.8	94.2	0.0	-1.56	0.72	0.84	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26246	3190	11	64	4	0	0	logfile
✘	8EFP	28087	2024-08-02	2022-09-08	3.8	4.73	3.90	4.0	0.006	1.46	7.0	0.09	18.61	0.01	1.908	33.65	3.07	13.3	86.7	0.0	-4.26	0.82	0.62	-0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4705	594	2	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-08-02	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2024-08-08	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2024-08-08	2022-09-04	4.64	4.06	4.63	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.47	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8ED7	28031	2024-08-11	2022-09-03	3.7	3.72	3.78	3.6	0.004	0.54	0.0	0.04	12.28	0.00	2.230	4.36	2.92	4.4	95.6	0.0	0.57	0.87	0.82	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31518	3826	11	0	72	0	0	logfile
✘	8EBX	28001	2024-08-09	2022-08-31	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27533	3219	17	80	9	0	0	logfile
✘	8AVC	15678	2024-08-09	2022-08-26	4.6	5.35	5.50	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.34	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	8GoU	34181	2024-08-09	2022-08-25	3.7	4.38	3.65	3.9	0.008	0.97	0.0	0.06	13.47	0.01	2.098	13.52	1.54	4.7	94.8	0.5	-1.86	0.84	0.82	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27108	3528	10	0	37	0	0	logfile

• ← previous
• Page 13 of 39
• next →