Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8E70	27932	2024-08-07	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8E74	27935	2024-08-09	2022-08-23	2.94	3.15	2.99	3.2	0.004	0.64	0.0	0.04	16.98	0.00	1.665	4.71	2.63	4.8	94.9	0.3	-1.14	0.69	0.83	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25815	3048	10	106	3	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2024-08-08	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	7YVU	34138	2024-08-03	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	7YVE	34124	2024-08-10	2022-08-19	3.4	3.90	3.37	3.7	0.017	1.24	2.0	0.07	13.19	0.01	1.983	11.38	1.49	5.0	94.6	0.4	-2.34	0.83	0.87	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29009	3768	12	0	37	0	0	logfile
✘	7YVi	34128	2024-08-10	2022-08-19	3.7	4.10	3.74	4.0	0.026	1.68	2.0	0.10	13.43	0.01	2.028	19.40	1.33	5.3	94.1	0.6	-2.56	0.74	0.82	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28961	3777	12	0	37	0	0	logfile
✘	7YVo	34134	2024-08-10	2022-08-19	3.3	3.92	3.42	3.7	0.020	1.43	1.0	0.07	13.56	0.01	1.977	23.21	1.33	5.6	94.1	0.4	-2.52	0.78	0.82	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30285	3953	14	0	37	0	0	logfile
✘	8E2L	27842	2024-08-06	2022-08-15	3.51	4.31	3.74	4.0	0.004	0.73	1.0	0.05	15.29	0.00	2.028	6.24	0.42	7.8	92.1	0.1	-0.93	0.78	0.72	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17092	2366	12	12	10	0	0	logfile
✘	7YTD	34086	2024-08-08	2022-08-14	3.71	4.26	3.90	4.0	0.005	0.96	12.0	0.08	14.87	0.01	1.188	29.57	4.37	8.6	90.5	0.9	-1.91	0.77	0.76	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21693	2777	25	0	10	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2024-08-05	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2024-08-05	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSH	34075	2024-08-05	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	7YSG	34074	2024-08-09	2022-08-12	3.18	3.59	3.37	3.5	0.017	1.73	86.0	0.11	18.11	0.01	1.189	44.73	11.57	9.9	86.8	3.3	-2.31	0.74	0.79	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25676	3290	27	0	12	0	0	logfile
✘	7YRY	34066	2024-08-09	2022-08-11	3.0	2.80	2.85	2.9	0.002	0.54	0.0	0.04	17.93	0.00	2.041	5.87	3.35	2.5	97.5	0.0	0.38	0.86	0.88	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25056	3282	13	0	9	0	0	logfile
✘	7YRR	34065	2024-08-09	2022-08-10	4.3	4.40	4.25	4.2	0.013	2.13	5.0	0.11	22.39	0.01	1.874	15.92	26.25	21.4	73.0	5.6	-5.95	0.67	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24937	1697	4	0	0	0	11408	logfile
✘	7YQW	34037	2024-08-09	2022-08-08	3.51	3.86	3.56	3.8	0.004	0.64	0.0	0.05	15.07	0.00	1.820	9.01	0.18	7.7	92.2	0.0	-1.45	0.79	0.84	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25422	3126	21	0	69	0	0	logfile
✘	7YQU	34035	2024-08-09	2022-08-08	3.19	3.43	3.24	3.4	0.005	0.72	6.0	0.05	14.04	0.00	1.425	7.13	0.14	8.5	91.5	0.0	-1.47	0.75	0.85	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25587	3189	12	0	48	0	0	logfile
✘	8DZP	27804	2024-08-03	2022-08-08	2.71	2.09	2.70	1.9	0.004	0.68	0.0	0.05	13.62	0.01	2.216	5.26	0.11	3.6	96.4	0.0	-0.46	0.78	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8E00	27811	2024-08-09	2022-08-08	3.6	4.06	3.76	3.9	0.004	0.79	4.0	0.05	12.79	0.01	2.201	2.10	0.47	1.8	98.2	0.0	1.15	0.77	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24794	3055	4	0	4	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2024-08-05	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 39
• next →