cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Yi4	33851	2024-08-09	2022-07-14	3.96	8.09	3.85	2.7	0.004	0.61	0.0	0.04	23.49	0.00	2.041	12.68	0.10	3.9	96.1	0.0	1.12	0.85	0.82	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25351	2359	18	302	5	0	0	logfile
✘	8DoK	27596	2024-08-09	2022-07-13	3.2	3.37	3.24	3.4	0.006	0.92	7.0	0.07	17.80	0.01	2.136	12.34	0.71	3.8	96.1	0.2	-0.58	0.65	0.83	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25844	3091	46	0	122	0	0	logfile
✘	8DNY	27584	2024-08-02	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	8DNX	27583	2024-08-02	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	7YG9	33812	2024-08-03	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	7YGA	33813	2024-08-03	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7YG4	33807	2024-08-03	2022-07-11	3.1	3.38	3.15	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	15.98	0.00	2.147	7.09	0.00	3.3	96.7	0.0	0.41	0.75	0.81	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7510	953	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2024-08-03	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile
✘	7YG6	33809	2024-08-03	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile
✘	8DN3	27553	2024-08-06	2022-07-10	3.55	3.91	3.65	3.9	0.003	0.56	0.0	0.05	11.89	0.01	2.181	12.00	1.97	3.9	96.0	0.1	0.56	0.61	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14315	1699	10	0	61	0	0	logfile
✘	8DLT	27515	2024-08-09	2022-07-08	2.4	3.35	2.60	2.8	0.005	0.76	0.0	0.05	12.93	0.01	2.220	2.75	0.00	1.7	98.3	0.0	0.21	0.85	0.84	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25245	3120	24	0	60	0	0	logfile
✘	8DLi	27502	2024-08-09	2022-07-08	2.56	3.44	2.78	2.9	0.005	0.83	0.0	0.06	12.96	0.01	2.274	3.61	0.07	2.0	98.0	0.0	-0.02	0.83	0.81	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25154	3110	24	0	60	0	0	logfile
✘	8ADi	15363	2024-08-08	2022-07-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23152	1505	6	0	0	0	11364	logfile
✘	8DLL	27505	2024-08-09	2022-07-08	2.56	3.44	2.79	2.8	0.005	0.78	0.0	0.06	12.79	0.01	2.279	3.13	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.16	0.83	0.82	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25095	3102	24	0	60	0	0	logfile
✘	7YFQ	33797	2024-08-03	2022-07-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6719	733	4	41	2	0	0	logfile
✘	8DL7	27498	2024-08-03	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	9	0	4	1	0	logfile
✘	8AD1	15357	2024-08-10	2022-07-07	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28169	3403	10	71	3	0	0	logfile
✘	7YE2	33762	2024-08-10	2022-07-05	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28925	3588	11	136	4	0	12	logfile
✘	8AC0	15329	2024-08-10	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	7YE1	33761	2024-08-10	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3657	11	114	4	0	12	logfile