Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DBE	27281	2024-08-06	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	8DBN	27291	2024-08-05	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	7Y1F	33562	2024-08-03	2022-06-08	3.3	3.13	3.30	3.3	0.007	1.12	0.0	0.06	13.79	0.01	2.215	9.10	0.00	6.7	93.3	0.0	-2.25	0.55	0.71	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8691	1131	6	0	0	0	0	logfile
✘	7Y1T	33572	2024-08-03	2022-06-08	3.24	3.67	3.31	3.5	0.003	0.59	0.0	0.09	16.88	0.00	1.998	8.09	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.76	0.73	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8112	1030	10	0	24	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-08-03	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	8A3B	15110	2024-08-05	2022-06-07	3.1	2.31	2.85	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	7Y0H	33542	2024-08-09	2022-06-05	3.56	3.83	3.72	3.8	0.003	0.60	0.0	0.04	14.66	0.00	1.981	6.27	0.07	4.7	95.3	0.0	-0.21	0.72	0.77	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26470	3336	23	0	12	0	0	logfile
✘	8D5C	27208	2024-08-09	2022-06-04	3.9	4.25	3.98	4.2	0.002	0.48	0.0	0.04	13.15	0.00	1.991	32.36	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.61	0.65	0.64	1.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26109	2730	15	0	0	0	4739	logfile
✘	7XZX	33533	2024-08-07	2022-06-03	4.53	5.42	4.49	4.5	0.006	0.99	0.0	0.06	25.64	0.00	1.688	10.77	0.15	1.7	98.3	0.0	0.69	0.69	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19270	1554	14	342	0	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2024-08-10	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27994	1738	17	0	12	0	13730	logfile
✘	8A1E	15073	2024-08-08	2022-06-01	2.83	3.02	2.82	3.1	0.003	0.54	0.0	0.04	12.78	0.00	1.655	10.46	0.00	5.3	94.7	0.0	-0.52	0.67	0.80	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18402	2370	15	0	0	0	0	logfile
✘	7XY3	33509	2024-08-09	2022-05-31	4.6	4.69	4.58	4.5	0.005	0.75	0.0	0.06	9.58	0.01	2.198	6.54	0.07	7.9	92.1	0.0	-3.84	0.82	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26363	3302	7	0	38	0	0	logfile
✘	8CYC	27074	2024-08-10	2022-05-23	2.9	3.44	2.92	3.2	0.002	0.53	0.0	0.04	13.71	0.00	2.186	8.20	0.16	5.4	94.3	0.3	-0.06	0.74	0.71	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28697	3677	6	0	0	0	0	logfile
✘	8CYi	27078	2024-08-05	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	7ZWC	14996	2024-08-05	2022-05-19	3.2	3.57	3.12	3.3	0.003	0.53	0.0	0.04	18.42	0.00	2.067	7.82	0.00	3.7	96.3	0.0	1.08	0.74	0.80	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13944	1500	11	83	2	0	0	logfile
✘	7XT6	33440	2024-08-03	2022-05-16	3.63	3.90	3.63	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	17.76	0.01	2.182	8.34	0.81	9.7	90.3	0.0	-2.04	0.69	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8040	1003	10	0	21	0	0	logfile
✘	7XSU	33435	2024-08-04	2022-05-15	3.4	3.68	3.45	3.7	0.011	1.61	9.0	0.11	19.27	0.01	1.440	12.45	5.06	5.5	94.1	0.4	1.66	0.55	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	3	0	13	0	0	logfile
✘	7UZE	26886	2024-08-06	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	14.97	0.00	2.040	3.56	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.87	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15105	988	12	0	4	113	7528	logfile
✘	7ZTC	14957	2024-08-09	2022-05-09	3.9	3.69	3.89	3.8	0.004	0.84	0.0	0.05	13.85	0.01	2.123	5.33	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.20	0.71	0.82	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25652	2920	20	0	548	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-08-03	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 39
• next →