Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XG0	33181	2024-08-07	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2024-08-05	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2024-08-05	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	0	logfile
✘	7ZFW	14704	2024-08-05	2022-04-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	7UKL	26583	2024-08-10	2022-04-01	3.09	3.85	3.21	3.6	0.005	0.86	3.0	0.06	12.69	0.01	2.139	2.45	0.09	3.5	96.5	0.0	-0.53	0.81	0.79	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30234	3795	12	0	48	0	0	logfile
✘	7UKM	26584	2024-08-10	2022-04-01	3.03	3.70	3.13	3.4	0.005	0.76	0.0	0.05	12.65	0.00	2.223	1.41	0.00	3.2	96.8	0.0	0.17	0.83	0.87	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30145	3771	12	0	47	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2024-08-05	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7UGN	26490	2024-08-09	2022-03-25	3.4	3.60	3.35	3.4	0.004	0.65	0.0	0.19	15.93	0.01	0.844	6.76	0.11	4.5	95.5	0.0	-3.47	0.83	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25698	3150	49	0	87	0	0	logfile
✘	7XCT	33127	2024-08-08	2022-03-25	2.72	3.02	—	3.0	0.012	1.11	0.0	0.06	22.81	0.01	2.220	3.84	0.59	5.3	94.3	0.4	-5.11	0.73	0.82	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18633	1575	16	290	2	0	0	logfile
✘	7XBK	33104	2024-08-09	2022-03-21	3.7	2.43	3.78	1.9	0.005	0.86	0.0	0.05	16.04	0.01	2.095	5.74	0.00	2.9	97.0	0.0	-1.71	0.69	0.63	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25745	3139	19	0	33	0	0	logfile
✘	7Z9M	14574	2024-08-11	2022-03-21	3.3	3.75	3.49	3.7	0.004	0.63	0.0	0.04	14.23	0.01	1.731	1.79	0.26	5.9	94.1	0.0	0.56	0.72	0.82	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31337	1838	15	64	3	10	15371	logfile
✘	7UCG	26443	2024-08-09	2022-03-16	3.5	3.64	3.50	3.6	0.005	0.98	1.0	0.07	16.14	0.01	2.253	7.06	0.00	5.4	94.2	0.4	-2.34	0.71	0.76	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25389	3063	48	0	99	0	0	logfile
✘	7UAQ	26430	2024-08-02	2022-03-13	3.1	3.91	2.90	3.7	0.006	1.19	2.0	0.07	13.13	0.01	2.101	25.20	0.22	11.5	88.5	0.0	-2.56	0.57	0.74	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4362	533	8	0	10	0	0	logfile
✘	7UAP	26429	2024-08-11	2022-03-13	2.8	2.98	2.85	3.0	0.007	1.27	12.0	0.08	14.62	0.01	2.041	19.84	0.29	7.1	92.4	0.6	-2.28	0.64	0.65	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31657	3957	27	0	59	0	0	logfile
✘	7U9P	26404	2024-08-02	2022-03-11	3.5	3.18	3.38	3.4	0.013	1.18	0.0	0.07	10.40	0.01	2.304	2.58	0.15	11.6	88.2	0.3	-4.34	0.69	0.84	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6126	773	6	0	4	0	0	logfile
✘	7X7V	33049	2024-08-03	2022-03-10	3.83	4.04	—	4.0	0.006	0.98	1.0	0.06	13.94	0.01	2.274	5.37	0.41	7.1	92.8	0.1	-3.88	0.57	0.71	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6876	873	9	0	4	0	0	logfile
✘	7Z4Z	14511	2024-08-02	2022-03-06	4.0	3.29	3.87	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	14.17	0.01	2.305	11.39	0.00	2.1	97.3	0.6	-4.82	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4817	673	4	0	0	0	0	logfile
✘	7U5T	26358	2024-08-06	2022-03-02	3.43	3.65	3.40	3.5	0.008	1.09	0.0	0.07	13.05	0.01	2.280	7.60	0.10	6.4	93.6	0.0	-5.95	0.59	0.62	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9093	1190	2	0	0	0	0	logfile
✘	7U5N	26356	2024-08-09	2022-03-02	2.58	2.84	2.74	2.8	0.006	0.92	0.0	0.06	12.59	0.01	2.261	5.51	2.44	2.9	97.1	0.0	0.60	0.66	0.81	4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27280	3430	20	0	10	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2024-08-05	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	2.22	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 20 of 39
• next →