Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9P8V	71390	2025-08-25	2025-06-23	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30156	3688	16	0	24	0	0	logfile
✘	9P6B	71303	2025-08-24	2025-06-18	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22762	2568	12	0	42	92	0	logfile
✘	9R96	53854	2025-08-23	2025-05-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14606	1568	7	102	3	0	0	logfile
✘	9R6R	53685	2025-08-22	2025-05-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2229	266	4	0	6	0	0	logfile
✘	9R6Q	53684	2025-08-22	2025-05-13	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4280	535	5	0	6	0	0	logfile
✘	9R6P	53680	2025-08-25	2025-05-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27448	3462	9	0	39	0	0	logfile
✘	9UUU	64518	2025-08-23	2025-05-08	3.17	3.72	3.49	3.7	0.014	1.05	0.0	0.05	15.33	0.01	2.257	5.09	0.00	5.6	94.4	0.1	-3.13	0.61	0.83	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14694	1892	10	0	8	0	0	logfile
✘	9oA8	70275	2025-08-23	2025-04-19	3.59	3.98	3.60	3.9	0.003	0.46	0.0	0.04	14.79	0.00	1.515	2.09	0.00	3.5	96.5	0.0	0.68	0.68	0.82	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15255	2024	13	0	15	0	0	logfile
✘	9o8U	70238	2025-08-23	2025-04-16	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13972	1746	11	0	6	0	0	logfile
✘	9UD9	64065	2025-08-23	2025-04-07	3.11	3.38	3.18	3.4	0.003	0.65	0.0	0.04	14.29	0.00	1.925	3.33	0.84	2.8	97.1	0.1	0.45	0.59	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14665	1894	11	0	7	2	0	logfile
✘	9UD2	64059	2025-08-23	2025-04-06	2.59	2.79	2.59	2.8	0.009	0.75	0.0	0.05	15.49	0.01	2.131	4.49	1.61	3.3	96.6	0.1	0.12	0.68	0.87	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14763	1900	12	0	8	5	0	logfile
✘	9NSV	49753	2025-08-24	2025-03-17	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17487	1996	12	0	8	1394	0	logfile
✘	9NPY	49636	2025-08-25	2025-03-11	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25171	1877	36	483	32	827	0	logfile
✘	9QAY	52979	2025-08-24	2025-02-28	3.8	4.25	3.82	3.2	0.009	1.23	2.0	0.08	21.97	0.01	1.280	6.90	0.09	6.2	93.4	0.4	-3.03	0.83	0.76	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15471	1247	6	260	0	0	0	logfile
✘	9NEA	49303	2025-08-24	2025-02-19	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16578	1936	7	57	2	0	0	logfile
✘	9NE9	49302	2025-08-24	2025-02-19	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16735	1935	7	65	3	0	0	logfile
✘	9LUC	63394	2025-08-23	2025-02-08	3.5	3.84	3.62	3.9	0.010	1.49	2.0	0.09	17.83	0.03	2.239	8.46	11.92	2.6	97.3	0.1	-1.36	0.67	0.89	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9584	1249	7	0	0	0	0	logfile
✘	9N81	49108	2025-08-26	2025-02-07	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41888	4826	21	151	2	0	0	logfile
✘	9N82	49109	2025-08-26	2025-02-07	3.3	4.01	3.19	3.5	0.003	0.54	0.0	0.04	19.18	0.00	2.326	4.18	1.16	2.5	97.5	0.0	1.63	0.85	0.77	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37812	4324	19	146	1	0	0	logfile
✘	9N5U	49039	2025-08-23	2025-02-04	2.85	2.43	2.89	1.3	0.005	0.97	0.0	0.05	11.62	0.01	2.196	5.04	2.47	3.4	96.6	0.0	-0.70	0.92	0.87	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13355	1692	6	0	14	0	0	logfile

• Page 1 of 57
• next →