cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9FG8	50388	2025-08-23	2024-05-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14703	1710	22	0	42	110	0	logfile
✘	9FFY	50378	2025-08-23	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15091	1799	16	0	36	0	0	logfile
✘	9FFL	50365	2025-08-23	2024-05-23	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15223	1784	24	0	44	56	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-08-23	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	0	logfile
✘	9FGB	50391	2025-08-23	2024-05-23	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14977	1785	14	0	33	0	0	logfile
✘	9FFo	50368	2025-08-23	2024-05-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15019	1784	17	0	36	0	0	logfile
✘	9BYG	45030	2025-08-24	2024-05-23	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FFX	50377	2025-08-23	2024-05-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15015	1799	14	0	34	0	0	logfile
✘	9BY2	45018	2025-08-24	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FFR	50371	2025-08-23	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14975	1784	17	0	34	0	0	logfile
✘	9FFF	50355	2025-08-23	2024-05-23	3.68	4.27	3.58	2.7	0.003	0.65	0.0	0.04	20.68	0.00	2.128	11.94	0.67	4.4	95.5	0.1	0.95	0.83	0.72	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15045	2069	4	65	0	0	0	logfile
✘	9FG5	50385	2025-08-23	2024-05-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14205	1679	17	0	35	0	0	logfile
✘	9BY8	45021	2025-08-24	2024-05-23	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BY9	45023	2025-08-24	2024-05-23	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FG6	50386	2025-08-23	2024-05-23	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14189	1676	18	0	36	0	0	logfile
✘	8ZMD	60243	2025-08-22	2024-05-23	3.25	2.40	3.25	2.2	0.007	0.82	0.0	0.05	12.14	0.01	2.181	5.96	0.14	4.4	95.6	0.0	0.04	0.74	0.75	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7012	927	4	0	0	0	0	logfile
✘	9FFQ	50370	2025-08-23	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14941	1784	18	0	35	0	0	logfile
✘	8ZLB	60224	2025-08-23	2024-05-18	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12797	822	4	0	1	0	6295	logfile
✘	8ZKo	60201	2025-08-22	2024-05-17	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6066	772	4	0	3	0	0	logfile
✘	8ZK2	60165	2025-08-25	2024-05-15	2.65	2.87	2.70	2.9	0.022	2.01	0.0	0.05	19.51	0.02	2.047	12.52	0.05	2.0	98.0	0.0	1.75	0.70	0.85	4.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26948	2772	72	0	111	0	0	logfile