Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9BTo	44894	2025-08-23	2024-05-15	3.1	3.53	3.15	3.4	0.024	1.78	0.0	0.14	15.34	0.01	2.436	0.48	0.00	1.9	98.1	0.0	0.65	0.86	0.88	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11520	1437	24	0	45	0	0	logfile
✘	8ZJM	60150	2025-08-26	2024-05-15	4.52	3.27	4.21	3.6	0.006	0.92	0.0	0.05	14.08	0.01	2.055	50.32	0.00	10.2	89.8	0.0	-2.54	0.85	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32858	4034	6	0	0	0	0	logfile
✘	8ZiP	60125	2025-08-23	2024-05-14	4.9	4.46	4.59	4.2	0.006	0.69	0.0	0.05	14.31	0.00	1.384	15.33	0.00	6.7	93.3	0.0	-3.13	0.84	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8662	1084	3	0	1	0	0	logfile
✘	9FAM	50275	2025-08-24	2024-05-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17822	2101	21	0	55	0	0	logfile
✘	9FAT	50281	2025-08-24	2024-05-10	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17913	2098	21	0	54	0	0	logfile
✘	9FAK	50274	2025-08-24	2024-05-10	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19569	2222	28	0	81	86	0	logfile
✘	9FAP	50277	2025-08-24	2024-05-10	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17805	2065	26	0	52	64	0	logfile
✘	9FAX	50285	2025-08-24	2024-05-10	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19317	2248	23	0	64	0	0	logfile
✘	9FAQ	50278	2025-08-24	2024-05-10	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17707	2065	20	0	52	0	0	logfile
✘	9FAV	50283	2025-08-24	2024-05-10	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18975	2240	23	0	52	0	0	logfile
✘	9FAJ	50273	2025-08-24	2024-05-10	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19645	2222	29	0	84	104	0	logfile
✘	9FAU	50282	2025-08-24	2024-05-10	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19115	2241	24	0	57	0	0	logfile
✘	8ZFM	60065	2025-08-24	2024-05-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17120	2060	25	0	30	10	0	logfile
✘	8ZFB	60055	2025-08-22	2024-05-07	3.78	2.07	2.33	1.8	0.005	0.98	2.0	0.07	13.25	0.01	1.786	10.45	0.52	8.2	91.8	0.0	0.06	0.57	0.55	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2088	286	1	0	0	0	0	logfile
✘	8ZET	60044	2025-08-26	2024-05-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36577	3229	31	0	217	0	0	logfile
✘	9BoG	44735	2025-08-23	2024-05-03	3.99	2.85	3.92	3.9	0.002	0.54	0.0	0.04	14.61	0.00	2.218	6.86	0.29	3.2	96.8	0.0	0.13	0.76	0.72	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9370	1438	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZDW	60015	2025-08-24	2024-05-03	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22602	2802	33	0	45	0	0	logfile
✘	9BNP	44733	2025-08-24	2024-05-02	3.17	3.83	3.25	3.6	0.006	1.24	1.0	0.07	15.57	0.00	2.207	3.65	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.57	0.78	0.82	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16537	1920	49	0	107	0	0	logfile
✘	9F6P	50237	2025-08-22	2024-05-02	3.7	3.92	3.71	4.0	0.004	0.93	0.0	0.05	18.01	0.01	2.090	19.52	2.05	2.7	97.3	0.0	1.39	0.48	0.70	1.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3720	482	2	0	1	0	0	logfile
✘	9BLS	44675	2025-08-22	2024-05-01	2.96	3.23	3.00	3.3	0.003	0.51	0.0	0.04	19.38	0.00	2.224	8.42	3.62	5.9	94.1	0.0	0.28	0.67	0.80	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7112	921	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 57
• next →