Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ZCF	39928	2025-08-22	2024-04-29	2.9	2.22	2.94	1.6	0.004	0.64	0.0	0.04	16.40	0.00	2.194	14.05	0.71	5.5	94.5	0.0	-0.08	0.76	0.75	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8053	1038	5	0	0	0	0	logfile
✘	9BJ3	44628	2025-08-25	2024-04-24	3.04	3.35	3.15	3.4	0.004	0.73	1.0	0.05	18.61	0.00	2.144	3.97	0.28	6.2	93.8	0.0	-1.67	0.72	0.87	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30621	3819	42	0	90	0	0	logfile
✘	8Z9M	39863	2025-08-24	2024-04-23	3.3	2.26	—	2.0	0.005	0.62	1.0	0.04	14.42	0.00	2.228	4.73	0.24	3.5	96.5	0.0	0.06	0.78	0.77	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22016	2786	4	0	0	0	0	logfile
✘	9BGN	44518	2025-08-25	2024-04-19	3.3	3.22	3.29	3.2	0.002	0.54	0.0	0.04	16.23	0.00	2.170	5.06	0.14	8.4	91.5	0.1	-1.80	0.40	0.86	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27855	3591	9	0	0	0	0	logfile
✘	8Z6X	39807	2025-08-22	2024-04-19	2.96	3.13	2.88	1.8	0.003	0.54	0.0	0.05	9.21	0.00	2.186	3.89	3.07	7.2	92.6	0.2	-2.58	0.75	0.88	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4704	618	3	0	0	0	0	logfile
✘	9BFP	44502	2025-08-22	2024-04-18	2.78	3.22	2.80	3.1	0.007	1.24	2.0	0.07	13.56	0.01	2.356	2.46	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.06	0.72	0.83	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8263	1034	3	0	4	0	0	logfile
✘	9BFi	44497	2025-08-22	2024-04-17	2.66	2.90	2.77	2.9	0.003	0.68	0.0	0.04	12.28	0.01	2.274	2.64	0.00	1.5	98.5	0.0	0.42	0.55	0.80	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3766	489	1	0	0	0	0	logfile
✘	8Z1M	39730	2025-08-24	2024-04-11	3.25	2.74	3.08	3.2	0.011	1.08	0.0	0.08	17.36	0.01	2.084	12.49	1.20	6.0	93.6	0.5	0.11	0.53	0.66	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20694	2748	6	0	0	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-08-22	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	9BC7	44426	2025-08-24	2024-04-08	3.3	2.73	3.21	3.4	0.015	1.83	0.0	0.10	14.65	0.01	2.210	3.53	0.55	2.2	97.8	0.0	-1.65	0.52	0.66	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15628	2024	8	0	16	0	0	logfile
✘	8YZC	39689	2025-08-26	2024-04-06	2.7	3.85	2.77	3.0	0.002	0.40	0.0	0.04	7.45	0.00	2.171	3.34	2.25	2.2	97.8	0.0	-2.03	0.67	0.49	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38973	4890	6	0	0	0	0	logfile
✘	8YZE	39691	2025-08-26	2024-04-06	3.06	3.96	3.23	3.4	0.003	0.60	0.0	0.04	8.31	0.00	2.205	3.93	2.43	2.2	97.7	0.1	-0.88	0.72	0.62	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38994	4893	6	0	0	0	0	logfile
✘	8YYU	39679	2025-08-24	2024-04-04	3.84	15.33	4.83	74.0	0.013	2.64	142.0	0.12	23.76	0.02	0.002	21.90	8.50	14.7	80.2	5.1	-5.65	0.47	0.09	-1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20996	2212	12	144	0	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-08-23	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1153	8	36	2	0	0	logfile
✘	8YWG	39632	2025-08-22	2024-03-31	3.28	2.63	3.23	2.3	0.003	0.66	0.0	0.04	14.30	0.00	2.255	5.32	0.24	4.7	95.2	0.1	0.59	0.76	0.77	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7707	963	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B8K	44348	2025-08-23	2024-03-30	2.96	2.30	3.08	2.1	0.011	1.26	0.0	0.06	11.29	0.00	2.047	1.91	0.13	2.4	97.3	0.3	0.90	0.71	0.65	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14231	1761	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B89	44335	2025-08-22	2024-03-29	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	817	5	36	6	0	0	logfile
✘	9B83	44331	2025-08-22	2024-03-28	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6418	735	5	31	6	0	0	logfile
✘	9B84	44332	2025-08-22	2024-03-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6982	739	5	58	6	0	0	logfile
✘	9ERJ	19916	2025-08-23	2024-03-23	2.9	3.75	3.06	3.5	0.004	1.10	0.0	0.05	16.05	0.01	2.277	3.08	1.41	7.2	92.3	0.5	-1.42	0.81	0.87	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12663	1688	12	0	18	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 57
• next →