Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8Y8R	39056	2025-08-24	2024-02-06	3.39	3.60	3.30	3.6	0.107	0.66	0.0	0.04	15.54	0.00	0.000	11.10	1.94	3.8	95.8	0.4	-1.54	0.73	0.87	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24528	3204	24	0	12	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-08-22	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y8W	39062	2025-08-24	2024-02-06	2.43	2.48	2.31	2.5	0.101	0.64	0.0	0.04	14.70	0.00	0.000	6.03	0.52	3.1	96.9	0.0	0.55	0.72	0.87	3.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23040	3084	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8P	39054	2025-08-24	2024-02-06	2.9	3.04	2.80	3.0	0.100	0.61	0.0	0.03	15.89	0.00	0.000	11.08	0.52	6.4	93.6	0.0	-1.29	0.66	0.84	4.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22644	3024	12	0	0	0	0	logfile
✘	8VY2	43644	2025-08-23	2024-02-06	4.3	4.36	4.28	4.3	0.010	1.03	4.0	0.06	13.16	0.02	2.212	13.17	0.97	7.6	91.9	0.5	-0.91	0.65	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10374	1319	6	0	15	0	0	logfile
✘	8Y8o	39053	2025-08-24	2024-02-06	2.94	3.07	2.87	3.1	0.104	0.59	0.0	0.03	16.73	0.00	0.000	7.80	1.04	2.4	97.6	0.0	0.25	0.69	0.85	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22656	3024	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8Q	39055	2025-08-24	2024-02-06	2.67	2.71	2.59	2.8	0.101	0.66	0.0	0.04	17.47	0.00	0.000	6.83	1.56	5.6	94.4	0.0	-1.01	0.68	0.85	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22596	3024	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y9E	39075	2025-08-23	2024-02-06	2.95	3.10	2.96	3.1	0.010	0.66	0.0	0.05	12.36	0.00	2.128	7.30	0.56	5.0	95.0	0.0	-3.86	0.67	0.79	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13076	1640	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8N	39052	2025-08-24	2024-02-06	3.12	3.25	3.03	3.3	0.106	0.66	0.0	0.04	15.88	0.00	0.000	11.14	0.97	4.5	95.5	0.0	-1.40	0.67	0.84	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24168	3204	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8X	39063	2025-08-24	2024-02-06	2.26	2.31	2.19	2.3	0.091	0.63	0.0	0.04	14.31	0.00	0.000	7.02	1.08	1.6	98.4	0.0	1.31	0.74	0.87	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22452	3012	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-08-22	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8VXH	43617	2025-08-24	2024-02-04	2.79	3.06	2.80	3.0	0.002	0.46	0.0	0.04	9.66	0.00	2.365	1.02	0.00	1.3	98.7	0.0	3.14	0.65	0.81	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19668	1248	4	0	0	0	9956	logfile
✘	8VX6	43609	2025-08-23	2024-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14984	1085	11	312	0	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-08-22	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	8Y72	39010	2025-08-23	2024-02-03	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1138	9	0	5	0	0	logfile
✘	8VWS	43595	2025-08-24	2024-02-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11907	743	10	294	0	0	0	logfile
✘	8RVY	19538	2025-08-27	2024-02-02	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	2857	23	0	26	14	21691	logfile
✘	8RVU	19533	2025-08-27	2024-02-02	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44308	2853	27	0	26	171	21742	logfile
✘	8VWT	43596	2025-08-24	2024-02-02	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14451	1061	11	294	0	0	0	logfile
✘	8VWU	43600	2025-08-24	2024-02-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12021	757	10	294	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 57
• next →