Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RVY	19538	2025-08-27	2024-02-02	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	2857	23	0	26	14	21691	logfile
✘	8VV0	43546	2025-08-23	2024-01-30	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13250	1580	15	0	30	0	0	logfile
✘	8VUQ	43536	2025-08-23	2024-01-29	3.85	4.17	3.92	4.1	0.003	0.62	0.0	0.04	17.33	0.01	2.133	8.08	0.66	12.1	87.5	0.4	-1.68	0.71	0.83	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1161	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2025-08-22	2024-01-25	3.03	3.33	3.14	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8Y19	38828	2025-08-25	2024-01-24	2.3	2.48	2.41	2.5	0.011	0.88	0.0	0.06	14.35	0.01	2.279	1.52	6.19	4.3	95.7	0.0	-1.92	0.57	0.64	4.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29541	3624	21	0	93	0	0	logfile
✘	8XX4	38745	2025-08-25	2024-01-17	2.6	2.88	2.72	2.9	0.005	0.63	0.0	0.05	19.16	0.01	1.899	10.24	2.39	4.9	94.8	0.3	-0.03	0.69	0.88	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28685	3488	15	43	7	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-08-22	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8XUS	38682	2025-08-25	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	0	0	logfile
✘	8XUR	38681	2025-08-25	2024-01-14	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25792	3189	20	0	63	0	0	logfile
✘	8XUT	38683	2025-08-25	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	0	0	logfile
✘	8RoZ	19408	2025-08-22	2024-01-12	2.7	2.95	2.73	3.0	0.005	0.56	0.0	0.04	17.46	0.00	2.219	5.09	1.06	1.9	98.1	0.0	1.04	0.64	0.85	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6079	751	3	0	0	0	0	logfile
✘	8XRB	38601	2025-08-23	2024-01-06	2.49	2.20	2.53	1.9	0.003	0.58	0.0	0.04	19.64	0.00	2.189	5.48	4.62	4.0	96.0	0.0	0.03	0.84	0.85	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11904	1482	9	0	13	0	0	logfile
✘	8XQC	38573	2025-08-22	2024-01-05	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7233	842	4	24	3	0	0	logfile
✘	8RM1	19348	2025-08-24	2024-01-04	3.1	2.97	3.03	3.1	0.003	0.66	0.0	0.04	14.78	0.00	2.195	6.14	0.45	5.0	95.0	0.0	-0.52	0.68	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17913	2184	12	0	18	0	0	logfile
✘	8XQ8	38569	2025-08-22	2024-01-04	3.35	2.39	3.39	2.0	0.007	1.24	0.0	0.06	17.54	0.01	2.255	7.43	0.77	2.7	97.3	0.0	-1.52	0.68	0.76	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8319	1051	2	0	1	0	0	logfile
✘	8XPQ	38559	2025-08-24	2024-01-04	3.1	2.45	3.09	3.0	0.006	0.80	2.0	0.05	13.26	0.01	2.286	4.94	5.24	4.0	95.9	0.1	-1.76	0.74	0.74	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15966	2078	2	0	0	0	0	logfile
✘	8RKV	19284	2025-08-24	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8XLV	38460	2025-08-25	2023-12-26	3.07	2.39	3.08	3.2	0.004	0.72	1.0	0.05	13.41	0.01	2.202	11.84	0.15	7.8	91.9	0.3	-1.74	0.66	0.70	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24219	3025	12	0	36	0	0	logfile
✘	8XLM	38453	2025-08-25	2023-12-26	3.22	3.64	3.18	3.5	0.004	0.62	0.0	0.04	19.13	0.01	2.148	7.25	0.16	9.2	90.5	0.3	-0.71	0.77	0.76	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28596	3529	18	0	57	0	0	logfile
✘	8XKX	38430	2025-08-23	2023-12-25	3.7	3.94	3.41	3.9	0.004	0.74	0.0	0.06	16.10	0.00	2.288	4.48	0.24	1.9	98.1	0.0	1.46	0.64	0.77	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14858	958	10	0	0	0	7340	logfile

• ← previous
• Page 15 of 57
• next →