Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8XKX	38430	2025-08-23	2023-12-25	3.7	3.94	3.41	3.9	0.004	0.74	0.0	0.06	16.10	0.00	2.288	4.48	0.24	1.9	98.1	0.0	1.46	0.64	0.77	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14858	958	10	0	0	0	7340	logfile
✘	8XL8	38441	2025-08-27	2023-12-25	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43716	5628	24	0	12	0	0	logfile
✘	8XKU	38425	2025-08-27	2023-12-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45544	5639	25	0	55	0	0	logfile
✘	8RK5	19260	2025-08-23	2023-12-23	4.54	3.79	4.60	3.8	0.013	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.555	21.79	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile
✘	8VFZ	43195	2025-08-23	2023-12-22	4.1	4.63	4.38	4.2	0.005	0.68	0.0	0.04	25.93	0.01	2.063	1.78	1.20	2.0	97.7	0.3	3.06	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14906	984	12	342	0	0	0	logfile
✘	8VFM	43188	2025-08-25	2023-12-21	3.6	2.54	3.57	3.2	0.009	1.05	0.0	0.06	11.04	0.01	2.015	6.46	0.00	5.1	94.9	0.0	-4.47	0.64	0.73	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28316	3616	20	0	16	0	0	logfile
✘	8VDR	43156	2025-08-23	2023-12-17	3.7	4.10	3.75	4.1	0.006	0.82	0.0	0.04	15.25	0.00	2.179	14.82	1.34	2.8	97.2	0.0	-0.40	0.81	0.83	1.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13547	1852	1	0	0	0	0	logfile
✘	8RH8	19172	2025-08-23	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8RHP	19178	2025-08-26	2023-12-15	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42728	5394	26	0	20	0	0	logfile
✘	8RH7	19171	2025-08-23	2023-12-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13866	1610	15	0	61	20	0	logfile
✘	8RHG	19175	2025-08-23	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8VDG	43149	2025-08-22	2023-12-15	3.35	3.57	3.29	3.6	0.006	0.82	0.0	0.05	13.86	0.01	2.274	7.04	0.35	6.5	93.5	0.0	-1.56	0.55	0.79	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2583	323	3	0	0	0	0	logfile
✘	8VCJ	43138	2025-08-26	2023-12-14	3.32	3.63	3.39	3.6	0.003	0.64	0.0	0.04	17.52	0.00	2.002	4.66	0.03	4.6	95.4	0.0	-0.73	0.69	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32232	3742	20	100	16	0	0	logfile
✘	8RGG	19132	2025-08-22	2023-12-13	4.0	4.37	3.92	4.0	0.012	1.85	5.0	0.10	13.18	0.01	2.531	0.14	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.27	0.70	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7679	1156	7	0	0	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-08-22	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-08-22	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8RFE	19118	2025-08-24	2023-12-12	3.8	4.63	3.96	4.1	0.003	0.61	0.0	0.04	16.60	0.00	2.148	11.79	0.14	7.6	91.6	0.8	-0.82	0.84	0.80	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2765	3	0	12	0	0	logfile
✘	8XBU	38229	2025-08-26	2023-12-07	4.24	5.02	4.02	4.6	0.010	0.95	26.0	0.09	20.92	0.02	1.118	17.68	0.15	1.0	99.0	0.0	-0.07	0.87	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32567	3398	20	309	0	0	0	logfile
✘	8XBM	38223	2025-08-24	2023-12-06	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22860	2724	24	0	12	0	0	logfile
✘	8RCD	19050	2025-08-24	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile

• ← previous
• Page 16 of 57
• next →