Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RCF	19051	2025-08-24	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8V6V	43002	2025-08-26	2023-12-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	1673	14	294	4	0	17362	logfile
✘	8V5R	42984	2025-08-23	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-08-22	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2025-08-24	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8R7P	18987	2025-08-26	2023-11-27	2.53	2.22	2.47	2.5	0.003	0.46	0.0	0.04	14.57	0.00	2.469	2.82	0.59	1.4	98.6	0.0	4.48	0.33	0.64	4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33726	2076	24	0	0	90	16908	logfile
✘	8V2o	42918	2025-08-23	2023-11-23	2.45	3.28	2.53	3.0	0.004	0.80	0.0	0.05	15.84	0.01	2.253	3.92	0.70	2.8	97.2	0.0	-1.34	0.76	0.89	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14660	1860	10	0	10	0	0	logfile
✘	8V2B	42904	2025-08-23	2023-11-22	3.67	4.07	3.73	3.9	0.003	0.50	0.0	0.04	21.99	0.00	2.223	4.13	0.00	2.5	97.5	0.0	-2.26	0.79	0.76	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12049	1455	16	0	29	0	0	logfile
✘	8V2J	42916	2025-08-23	2023-11-22	2.9	3.13	2.84	3.1	0.006	0.95	0.0	0.05	16.66	0.01	1.970	2.78	0.42	3.0	97.0	0.0	0.06	0.58	0.72	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13580	1732	8	2	4	0	0	logfile
✘	8V1Q	42887	2025-08-23	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V1R	42888	2025-08-23	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8X5Q	38072	2025-08-25	2023-11-17	3.47	3.68	3.46	3.6	0.006	0.83	0.0	0.05	20.55	0.01	2.198	14.63	1.21	9.2	90.4	0.4	-1.75	0.79	0.81	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26208	3258	27	0	63	0	0	logfile
✘	8X5i	38070	2025-08-24	2023-11-17	3.01	3.31	3.19	3.2	0.007	1.05	0.0	0.06	15.26	0.01	2.113	3.05	0.64	4.8	95.2	0.0	-3.57	0.69	0.85	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17006	2063	8	0	8	0	0	logfile
✘	8R57	18903	2025-08-25	2023-11-16	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	1878	29	458	28	357	0	logfile
✘	8UY7	42794	2025-08-23	2023-11-13	2.93	3.21	2.98	3.2	0.005	0.74	3.0	0.05	12.81	0.01	2.057	8.32	0.34	3.7	96.3	0.0	0.34	0.71	0.89	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14033	1796	6	0	6	200	0	logfile
✘	8R3Y	18877	2025-08-24	2023-11-10	3.68	3.66	3.56	3.6	0.013	1.98	11.0	0.11	15.13	0.02	2.527	0.45	3.01	7.4	92.3	0.3	-1.59	0.64	0.69	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20107	1293	4	0	1	0	9975	logfile
✘	8R3K	18871	2025-08-23	2023-11-09	3.43	3.17	3.32	3.3	0.003	0.54	0.0	0.04	18.62	0.00	1.888	7.23	0.00	2.4	97.6	0.0	1.23	0.77	0.86	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14767	1717	7	41	3	0	0	logfile
✘	8UW3	42637	2025-08-23	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8X06	37970	2025-08-22	2023-11-03	3.24	3.88	3.24	3.6	0.002	0.58	0.0	0.04	18.50	0.00	2.261	7.83	0.25	3.8	96.2	0.0	-0.94	0.77	0.76	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7053	869	4	0	0	0	0	logfile
✘	8UVE	42617	2025-08-22	2023-11-02	2.6	3.11	2.70	3.0	0.004	0.62	0.0	0.04	14.48	0.01	2.230	9.16	0.00	1.5	98.5	0.0	2.23	0.58	0.83	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8373	1010	4	0	22	0	0	logfile

• ← previous
• Page 17 of 57
• next →