Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8UV9	42612	2025-08-26	2023-11-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32936	2144	12	0	12	0	16292	logfile
✘	8WYH	37928	2025-08-26	2023-10-31	3.0	3.17	3.02	3.1	0.013	1.86	3.0	0.11	24.31	0.05	2.200	41.82	35.11	24.6	62.8	12.5	-7.18	0.62	0.67	1.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38852	4880	6	0	0	0	0	logfile
✘	8WY8	37919	2025-08-25	2023-10-30	3.1	3.36	25.59	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	17.36	0.00	2.028	12.27	0.20	2.2	97.8	0.0	1.01	0.72	0.82	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31412	3757	4	0	0	0	0	logfile
✘	8WXF	37905	2025-08-24	2023-10-29	4.0	4.27	4.10	4.2	0.003	0.71	0.0	0.05	17.29	0.01	2.188	15.21	0.75	4.8	95.1	0.1	-1.25	0.74	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16380	2190	3	0	0	0	0	logfile
✘	8QXM	18732	2025-08-23	2023-10-24	2.94	3.04	3.00	3.0	0.003	0.63	0.0	0.04	17.60	0.01	1.812	2.88	0.00	4.1	95.9	0.0	0.06	0.77	0.83	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14658	1784	8	0	24	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2025-08-24	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8WUV	37861	2025-08-24	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18899	1779	6	213	0	0	0	logfile
✘	8WUT	37859	2025-08-24	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8WUi	37855	2025-08-23	2023-10-20	3.4	3.66	3.47	3.7	0.012	0.84	0.0	0.05	19.52	0.01	1.049	21.56	5.09	6.2	93.0	0.7	-1.15	0.56	0.68	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15340	1826	8	0	14	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-08-22	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8QW4	18680	2025-08-22	2023-10-18	2.9	3.70	2.98	3.7	0.007	1.10	1.0	0.06	13.20	0.01	2.091	17.12	0.26	14.0	86.0	0.0	-3.29	0.56	0.64	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3479	434	2	0	0	0	0	logfile
✘	8WT7	37828	2025-08-23	2023-10-18	2.7	3.41	2.76	3.1	0.008	1.31	0.0	0.08	19.85	0.00	1.608	0.25	0.49	0.7	99.3	0.0	-1.68	0.88	0.88	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14846	1246	14	239	2	4	0	logfile
✘	8WT9	37830	2025-08-23	2023-10-18	2.7	3.37	2.80	3.1	0.008	1.36	0.0	0.08	20.16	0.00	1.607	0.58	0.98	0.8	99.2	0.0	-1.58	0.89	0.89	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1258	13	239	2	2	0	logfile
✘	8UMR	42382	2025-08-24	2023-10-18	4.42	5.02	4.77	4.6	0.004	0.82	0.0	0.05	12.52	0.01	2.052	27.72	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.03	0.83	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18615	2364	21	0	0	0	0	logfile
✘	8UMF	42378	2025-08-23	2023-10-17	2.9	3.41	2.93	3.2	0.005	0.80	0.0	0.05	19.05	0.01	2.087	4.93	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.20	0.84	0.85	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14804	1376	7	173	7	0	0	logfile
✘	8WRD	37774	2025-08-22	2023-10-13	3.05	3.46	3.00	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	15.71	0.00	2.177	4.66	0.14	3.0	97.0	0.0	0.84	0.69	0.84	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6326	830	3	0	0	0	0	logfile
✘	8WQF	37743	2025-08-25	2023-10-11	3.27	3.60	3.31	3.6	0.004	0.60	0.0	0.04	14.92	0.00	2.199	8.00	0.00	6.4	93.6	0.0	-0.93	0.60	0.57	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23404	2901	13	0	6	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2025-08-24	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2025-08-24	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8QSK	18634	2025-08-23	2023-10-10	3.3	3.77	3.33	3.6	0.003	0.63	0.0	0.04	12.96	0.01	2.235	7.41	1.59	6.9	92.9	0.2	1.79	0.77	0.75	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8506	1046	4	0	16	0	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 57
• next →