Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WPF	37715	2025-08-24	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8QSK	18634	2025-08-23	2023-10-10	3.3	3.77	3.33	3.6	0.003	0.63	0.0	0.04	12.96	0.01	2.235	7.41	1.59	6.9	92.9	0.2	1.79	0.77	0.75	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8506	1046	4	0	16	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2025-08-24	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8UHi	42281	2025-08-26	2023-10-09	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37192	4576	40	0	16	904	0	logfile
✘	8QRR	18624	2025-08-22	2023-10-09	2.78	3.20	2.63	3.1	0.003	0.49	0.0	0.04	14.32	0.01	2.234	5.92	1.21	1.4	98.6	0.0	2.25	0.53	0.89	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3129	421	2	0	3	0	0	logfile
✘	8QQS	18603	2025-08-26	2023-10-06	2.9	3.14	2.97	3.1	0.004	0.67	0.0	0.05	13.22	0.00	2.211	2.07	0.24	2.7	97.3	0.0	0.40	0.69	0.83	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41912	2524	6	60	0	0	20715	logfile
✘	8UF0	42181	2025-08-25	2023-10-03	2.02	2.34	2.08	2.2	0.007	0.76	0.0	0.05	17.50	0.01	0.013	4.38	0.54	1.8	98.2	0.0	0.09	0.84	0.89	5.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27000	3456	48	0	0	804	0	logfile
✘	8WMF	37651	2025-08-27	2023-10-03	2.51	3.17	2.58	3.0	0.072	0.66	0.0	0.04	12.96	0.00	0.000	5.47	0.00	4.3	95.7	0.0	0.17	0.79	0.77	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43235	5370	25	0	90	0	0	logfile
✘	8QPG	18550	2025-08-23	2023-10-02	2.36	3.26	1.85	3.0	0.012	1.50	15.0	0.11	14.87	0.01	1.825	1.74	0.31	2.5	97.5	0.0	-0.54	0.80	0.92	5.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14550	1920	18	0	24	0	0	logfile
✘	8WKW	37609	2025-08-26	2023-09-28	3.21	3.39	3.15	3.3	0.002	0.37	0.0	0.03	14.29	0.00	2.477	0.96	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.20	0.70	0.87	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20670	2522	26	0	0	0	0	logfile
✘	8WiX	37571	2025-08-23	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.119	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile
✘	8WJ2	37576	2025-08-23	2023-09-25	2.35	2.51	2.35	2.6	0.080	1.93	12.0	0.10	18.14	0.03	0.000	8.58	11.26	2.1	97.5	0.4	-2.08	0.58	0.73	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14844	1722	36	0	12	1176	0	logfile
✘	8QN6	18508	2025-08-25	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	0	logfile
✘	8WJ0	37574	2025-08-23	2023-09-25	2.24	2.40	2.24	2.5	0.078	1.72	18.0	0.10	18.81	0.03	0.000	12.28	13.66	1.1	98.9	0.0	-1.94	0.57	0.71	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14370	1698	36	0	24	888	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2025-08-23	2023-09-25	2.27	2.40	2.28	2.5	0.076	1.75	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8UBX	42108	2025-08-22	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8WiY	37572	2025-08-23	2023-09-25	2.31	2.56	2.32	2.6	0.116	1.71	0.0	0.10	19.56	0.02	0.000	10.57	11.25	2.5	97.5	0.0	-1.41	0.56	0.70	4.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15486	1722	36	0	24	1248	0	logfile
✘	8WiZ	37573	2025-08-23	2023-09-25	2.2	2.38	2.22	2.4	0.117	1.76	6.0	0.10	20.31	0.03	0.000	13.55	10.83	2.8	97.2	0.0	-1.91	0.59	0.73	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15306	1722	36	0	18	1068	0	logfile
✘	8UC7	42116	2025-08-23	2023-09-25	2.9	3.13	2.84	3.1	0.015	1.75	4.0	0.09	13.19	0.01	2.560	2.24	0.00	1.7	98.3	0.0	-0.57	0.61	0.79	6.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14840	1936	8	0	16	0	0	logfile
✘	8WH0	37524	2025-08-24	2023-09-22	2.51	2.75	2.61	2.8	0.004	0.54	0.0	0.04	18.91	0.00	1.989	12.02	0.15	4.2	95.6	0.1	0.26	0.72	0.79	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20548	2733	12	5	9	0	0	logfile

• ← previous
• Page 19 of 57
• next →