cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WH7	37532	2025-08-23	2023-09-22	2.65	2.80	2.63	2.8	0.004	0.68	0.0	0.05	19.13	0.00	2.251	2.73	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.70	0.38	0.57	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11523	1437	12	0	36	0	0	logfile
✘	8UB4	42076	2025-08-27	2023-09-22	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43779	3274	15	0	18	0	20773	logfile
✘	8WG9	37506	2025-08-23	2023-09-20	4.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11806	1511	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WFB	37489	2025-08-23	2023-09-19	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10288	1002	4	100	2	0	0	logfile
✘	8WFK	37494	2025-08-22	2023-09-19	3.22	3.53	3.35	3.6	0.020	1.28	0.0	0.04	16.76	0.00	2.137	5.06	0.00	5.0	95.0	0.0	-1.97	0.54	0.85	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4371	546	2	0	4	0	0	logfile
✘	8WCX	37451	2025-08-23	2023-09-14	3.09	3.34	3.13	3.3	0.005	0.74	0.0	0.04	17.06	0.00	1.945	12.69	0.42	4.7	95.1	0.2	-0.07	0.51	0.71	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9199	1199	4	0	4	0	0	logfile
✘	8WCR	37447	2025-08-23	2023-09-13	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14615	1560	15	0	50	270	0	logfile
✘	8WC4	37430	2025-08-22	2023-09-11	3.1	3.34	3.06	3.3	0.006	0.81	2.0	0.06	13.02	0.01	2.216	7.71	0.93	4.4	95.6	0.0	-0.26	0.69	0.85	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8394	1110	6	0	1	0	0	logfile
✘	8WC8	37434	2025-08-22	2023-09-11	2.9	3.26	2.95	3.2	0.013	0.85	5.0	0.06	12.53	0.01	2.252	9.26	0.26	2.5	97.5	0.0	1.02	0.66	0.81	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8062	1101	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Qi7	18436	2025-08-23	2023-09-11	2.9	3.13	2.98	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	9.14	0.00	2.275	2.18	0.79	6.3	93.4	0.2	-3.83	0.69	0.88	5.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14609	1848	8	0	0	117	0	logfile
✘	8U4D	41879	2025-08-26	2023-09-10	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36537	2236	10	0	5	2	18226	logfile
✘	8WBD	37421	2025-08-24	2023-09-09	2.9	3.17	3.02	3.2	0.003	0.57	0.0	0.04	13.55	0.00	2.195	5.10	0.23	5.4	94.6	0.0	-1.64	0.63	0.85	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16157	2040	7	0	1	0	0	logfile
✘	8U43	41873	2025-08-26	2023-09-08	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36651	2224	12	0	9	130	18060	logfile
✘	8WAW	37407	2025-08-26	2023-09-08	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35768	4182	24	109	11	0	30	logfile
✘	8WAU	37405	2025-08-26	2023-09-08	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35728	4182	25	107	11	0	30	logfile
✘	8WB0	37411	2025-08-26	2023-09-08	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35758	4182	24	110	10	0	30	logfile
✘	8WAX	37408	2025-08-26	2023-09-08	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35758	4182	24	110	10	0	30	logfile
✘	8WAV	37406	2025-08-26	2023-09-08	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35748	4182	24	108	11	0	30	logfile
✘	8WAY	37409	2025-08-26	2023-09-08	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35760	4182	24	110	10	0	30	logfile
✘	8WAT	37404	2025-08-26	2023-09-08	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35676	4182	24	106	11	0	0	logfile