Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WAZ	37410	2025-08-26	2023-09-08	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35760	4182	24	110	10	0	30	logfile
✘	8U3F	41860	2025-08-22	2023-09-07	3.31	3.63	3.18	3.6	0.005	0.62	0.0	0.04	12.99	0.01	2.265	6.58	0.00	2.1	97.9	0.0	-1.54	0.57	0.87	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3410	437	1	0	0	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2025-08-23	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8U2C	41845	2025-08-23	2023-09-05	2.5	2.75	2.49	2.9	0.012	1.88	5.0	0.10	13.83	0.02	2.543	0.27	1.85	4.1	95.6	0.3	-1.26	0.75	0.80	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15042	1948	10	0	0	0	0	logfile
✘	8W9A	37362	2025-08-23	2023-09-05	2.7	2.81	2.61	2.8	0.008	0.80	0.0	0.05	10.21	0.01	2.156	13.93	0.18	5.4	94.6	0.0	-4.40	0.70	0.83	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10289	1245	3	0	1	2	0	logfile
✘	8QFS	18383	2025-08-23	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile
✘	8W8R	37357	2025-08-23	2023-09-04	3.3	3.13	3.15	3.2	0.006	0.85	0.0	0.06	16.67	0.00	2.227	7.64	1.64	5.2	94.8	0.0	-0.20	0.68	0.85	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9018	1142	6	0	2	0	0	logfile
✘	8W7L	37340	2025-08-23	2023-08-30	3.75	4.06	3.94	4.0	0.005	1.15	4.0	0.07	15.25	0.01	2.293	7.50	0.06	13.3	85.9	0.8	-3.90	0.78	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14636	1814	6	0	2	0	0	logfile
✘	8W6T	37332	2025-08-22	2023-08-29	3.0	3.16	2.98	3.2	0.006	1.03	1.0	0.07	12.77	0.01	2.247	3.88	0.72	6.3	93.6	0.1	-5.55	0.64	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7605	975	2	0	0	0	0	logfile
✘	8TZV	41770	2025-08-22	2023-08-28	2.8	3.84	3.02	3.4	0.002	1.22	0.0	0.04	7.77	0.00	2.199	6.62	0.47	1.0	99.0	0.0	0.07	0.80	0.73	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5680	696	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QCS	18334	2025-08-22	2023-08-28	2.9	3.25	2.96	3.2	0.003	0.57	0.0	0.04	15.23	0.00	2.301	6.84	0.00	2.7	97.3	0.0	0.62	0.56	0.82	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3241	417	1	0	0	0	0	logfile
✘	8W5M	37297	2025-08-22	2023-08-27	3.1	3.46	3.16	3.4	0.006	0.98	2.0	0.06	8.72	0.01	2.272	6.29	0.16	5.1	94.9	0.0	-3.59	0.48	0.82	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5645	751	6	0	0	0	0	logfile
✘	8TZ1	41730	2025-08-25	2023-08-26	2.54	3.16	2.64	3.0	0.011	0.87	0.0	0.04	16.92	0.00	2.123	1.34	0.48	0.9	99.1	0.0	3.54	0.58	0.77	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24852	1599	9	0	21	6	12165	logfile
✘	8KiE	37258	2025-08-23	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	8Ki7	37253	2025-08-24	2023-08-23	3.7	4.02	3.86	3.9	0.005	1.07	0.0	0.06	18.16	0.01	2.221	8.03	3.86	7.3	92.5	0.2	-2.08	0.75	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16784	2003	4	32	0	0	0	logfile
✘	8KiG	37259	2025-08-22	2023-08-23	3.1	3.36	3.34	3.6	0.007	0.72	0.0	0.05	16.91	0.00	2.138	10.53	0.85	5.1	94.9	0.0	-0.40	0.48	0.84	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2104	265	4	0	3	0	0	logfile
✘	8KiC	37257	2025-08-22	2023-08-23	2.5	3.35	2.68	3.1	0.005	0.82	0.0	0.05	17.67	0.01	2.171	5.51	3.54	2.3	97.3	0.4	-0.24	0.77	0.75	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	1168	9	0	20	0	0	logfile
✘	8KGY	37235	2025-08-24	2023-08-20	2.59	3.66	2.67	3.1	0.003	0.48	0.0	0.04	12.79	0.00	2.249	5.72	0.00	3.2	96.6	0.2	1.59	0.90	0.88	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21846	2921	6	0	0	0	0	logfile
✘	8Q7H	18216	2025-08-24	2023-08-16	4.1	2.84	3.87	1.8	0.005	0.61	0.0	0.04	12.55	0.00	1.968	6.42	0.00	0.8	99.2	0.0	0.60	0.71	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18033	2788	9	0	135	0	0	logfile
✘	8Q6V	18199	2025-08-23	2023-08-15	3.23	4.32	3.28	3.8	0.012	1.71	0.0	0.09	13.17	0.01	1.880	0.45	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.06	0.84	0.71	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15406	1021	3	0	1	0	7497	logfile

• ← previous
• Page 21 of 57
• next →