Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8TTB	41604	2025-08-24	2023-08-13	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21924	1376	5	0	2	0	10922	logfile
✘	8KDS	37144	2025-08-26	2023-08-10	3.05	4.25	3.03	3.3	0.003	0.51	0.0	0.04	9.38	0.00	2.215	7.00	5.28	7.0	92.7	0.3	-3.93	0.84	0.79	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34353	4440	9	0	0	0	0	logfile
✘	8TR5	41570	2025-08-25	2023-08-09	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26782	1659	12	3	31	204	12924	logfile
✘	8TRB	41576	2025-08-25	2023-08-09	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27145	1662	9	3	31	312	13065	logfile
✘	8TPW	41495	2025-08-24	2023-08-05	3.46	4.44	3.53	3.6	0.003	0.50	0.0	0.04	14.06	0.00	2.188	7.33	1.46	4.3	95.6	0.0	1.20	0.93	0.89	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17254	2290	5	0	0	0	0	logfile
✘	8TNX	41428	2025-08-22	2023-08-02	3.03	3.42	3.10	3.4	0.007	0.90	0.0	0.06	16.34	0.02	2.278	7.41	4.12	2.8	96.8	0.4	0.06	0.59	0.80	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8272	1152	4	0	2	0	0	logfile
✘	8K9L	36990	2025-08-23	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2025-08-23	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8TMJ	41391	2025-08-24	2023-07-29	3.2	3.29	3.34	3.2	0.003	0.59	0.0	0.04	15.08	0.00	2.174	9.64	0.00	3.3	96.6	0.1	1.53	0.62	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17758	2165	11	0	3	0	0	logfile
✘	8TM3	41377	2025-08-24	2023-07-28	3.0	3.70	3.60	3.5	0.003	0.56	0.0	0.04	14.99	0.00	1.960	7.60	0.23	4.4	95.5	0.1	-0.07	0.81	0.79	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17562	2381	11	0	0	0	0	logfile
✘	8TM4	41378	2025-08-24	2023-07-28	3.0	3.65	3.61	3.5	0.013	1.89	0.0	0.09	15.39	0.00	2.497	2.24	3.99	9.3	89.1	1.6	-5.03	0.79	0.77	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21367	2794	13	0	0	0	0	logfile
✘	8TL2	41359	2025-08-24	2023-07-26	3.2	3.44	3.22	3.4	0.005	0.76	0.0	0.05	16.90	0.00	2.072	2.22	0.26	2.4	97.6	0.0	0.18	0.71	0.86	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18323	2187	43	0	87	0	0	logfile
✘	8TKC	41346	2025-08-24	2023-07-25	3.1	3.33	3.13	3.3	0.011	0.97	1.0	0.05	16.99	0.00	2.134	1.57	0.33	2.6	97.3	0.1	0.00	0.66	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20064	2421	45	0	87	0	0	logfile
✘	8TKP	41356	2025-08-23	2023-07-25	2.9	3.69	2.99	3.2	0.005	0.91	3.0	0.05	16.84	0.01	1.152	7.90	0.94	2.1	97.9	0.0	2.30	0.59	0.61	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14666	1698	14	0	54	0	0	logfile
✘	8K59	36898	2025-08-26	2023-07-21	3.5	3.71	3.63	3.7	0.004	0.71	0.0	0.04	18.47	0.00	2.102	13.52	0.03	4.3	95.4	0.3	-0.15	0.65	0.69	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32740	3827	10	129	0	0	0	logfile
✘	8TJ3	41299	2025-08-23	2023-07-20	3.2	3.62	—	3.4	0.004	0.72	0.0	0.04	13.85	0.02	2.416	10.13	1.16	7.4	92.4	0.1	0.15	0.73	0.58	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13127	833	2	0	0	0	6652	logfile
✘	8Ti1	41277	2025-08-27	2023-07-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45034	5848	20	0	28	14	0	logfile
✘	8THC	41253	2025-08-24	2023-07-14	3.67	4.09	3.90	3.9	0.003	0.64	0.0	0.04	14.45	0.01	2.142	8.43	0.09	2.8	97.2	0.0	0.34	0.78	0.77	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20430	2558	13	0	8	0	0	logfile
✘	8K1N	36796	2025-08-22	2023-07-11	3.0	3.28	2.95	3.3	0.008	1.24	6.0	0.07	15.25	0.01	2.218	9.86	0.70	8.5	91.5	0.0	-1.83	0.59	0.82	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7175	952	4	0	2	0	0	logfile
✘	8K1o	36797	2025-08-22	2023-07-11	2.9	3.14	2.87	3.2	0.007	1.00	0.0	0.05	17.98	0.01	1.945	3.29	0.42	6.0	94.0	0.0	-1.93	0.62	0.85	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7163	937	6	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 22 of 57
• next →