Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8K1D	36792	2025-08-22	2023-07-10	3.53	3.93	3.64	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8JZZ	36755	2025-08-23	2023-07-06	3.31	3.67	3.40	3.7	0.002	0.54	0.0	0.04	13.17	0.00	2.205	8.84	0.24	4.4	95.6	0.0	-0.38	0.61	0.70	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8680	1198	6	0	0	0	0	logfile
✘	8PNP	17782	2025-08-23	2023-06-30	2.49	2.59	2.43	2.6	0.003	0.50	0.0	0.04	18.52	0.00	2.019	4.25	1.24	2.2	97.7	0.1	0.87	0.81	0.91	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14460	1715	9	29	0	43	0	logfile
✘	8PHK	17668	2025-08-25	2023-06-20	3.1	3.76	3.16	3.4	0.002	0.53	0.0	0.04	18.81	0.00	2.027	9.69	0.10	2.5	97.4	0.0	1.00	0.91	0.85	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28225	3370	10	88	3	0	0	logfile
✘	8T6J	41069	2025-08-23	2023-06-16	3.5	3.65	—	3.5	0.003	0.56	0.0	0.04	13.81	0.00	2.196	6.10	0.00	5.1	94.9	0.0	0.00	0.80	0.79	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11652	1534	4	0	2	0	0	logfile
✘	8PFJ	17647	2025-08-25	2023-06-16	3.4	3.90	3.33	3.6	0.002	0.54	0.0	0.04	19.72	0.00	2.011	9.27	3.15	2.3	97.6	0.0	1.51	0.90	0.87	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27856	3313	10	93	3	0	0	logfile
✘	8PET	17636	2025-08-25	2023-06-14	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30080	1802	25	0	48	84	14629	logfile
✘	8PBL	17586	2025-08-25	2023-06-09	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26261	3171	10	68	3	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2025-08-23	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8T1K	40970	2025-08-22	2023-06-02	3.14	3.28	3.06	3.3	0.015	1.49	1.0	0.07	12.82	0.01	2.350	1.24	0.00	2.6	97.4	0.0	0.05	0.79	0.85	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6973	840	5	0	5	0	0	logfile
✘	8T0R	40946	2025-08-27	2023-06-01	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45214	2784	12	4	4	0	22670	logfile
✘	8T0K	40942	2025-08-27	2023-06-01	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45218	2784	12	4	4	0	22674	logfile
✘	8T00	40930	2025-08-25	2023-05-31	4.69	6.10	5.32	6.5	0.004	1.00	0.0	0.04	14.97	0.00	1.510	8.96	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.13	0.75	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25215	3093	7	52	3	0	0	logfile
✘	8P7C	17529	2025-08-23	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1381	12	166	8	2	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-08-23	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1007	6	83	4	1	0	logfile
✘	8P7B	17528	2025-08-23	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1142	10	161	7	2	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2025-08-23	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8SZ8	40903	2025-08-27	2023-05-27	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45268	2783	12	4	4	0	22728	logfile
✘	8SY7	40864	2025-08-24	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8SXZ	40861	2025-08-27	2023-05-24	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45263	2783	12	4	4	0	22723	logfile

• ← previous
• Page 23 of 57
• next →