Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8SY7	40864	2025-08-24	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8SXi	40853	2025-08-24	2023-05-22	4.5	4.37	4.46	4.3	0.006	1.01	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8P4i	17409	2025-08-26	2023-05-22	3.83	4.09	—	4.0	0.012	1.73	13.0	0.09	14.63	0.01	2.265	0.43	1.50	4.8	94.9	0.2	-2.25	0.75	0.86	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42976	5389	17	0	0	0	0	logfile
✘	8SXA	40829	2025-08-24	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SX9	40828	2025-08-24	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8P4E	17407	2025-08-26	2023-05-20	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41213	4941	24	81	10	0	0	logfile
✘	8P4F	17408	2025-08-27	2023-05-20	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43686	5208	26	105	11	0	0	logfile
✘	8P3o	17387	2025-08-24	2023-05-18	2.9	4.09	2.96	3.3	0.003	0.72	0.0	0.04	17.21	0.00	2.204	7.05	0.41	3.9	96.1	0.0	1.02	0.78	0.89	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21192	2656	8	0	0	0	0	logfile
✘	8P28	17359	2025-08-24	2023-05-15	2.77	2.35	2.79	2.1	0.008	0.64	0.0	0.05	13.73	0.00	1.795	6.79	2.15	10.0	89.8	0.2	-1.36	0.78	0.77	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21141	2584	8	0	16	0	0	logfile
✘	8P23	17357	2025-08-23	2023-05-14	3.17	2.45	3.19	2.2	0.004	0.69	2.0	0.05	13.20	0.01	2.090	5.87	4.71	5.8	93.7	0.5	-0.94	0.75	0.75	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11399	1401	4	0	6	0	0	logfile
✘	8JCE	36159	2025-08-27	2023-05-11	2.41	2.93	2.39	2.7	0.005	0.75	0.0	0.05	20.04	0.00	2.023	2.66	0.59	1.9	98.1	0.0	-0.35	0.83	0.91	4.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44304	5436	36	0	48	588	0	logfile
✘	8SRF	40729	2025-08-26	2023-05-05	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42789	5508	12	0	45	4	0	logfile
✘	8SRG	40730	2025-08-26	2023-05-05	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39976	5464	8	0	36	0	0	logfile
✘	8SR7	40721	2025-08-26	2023-05-05	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42793	5500	12	0	37	52	0	logfile
✘	8SQJ	40707	2025-08-25	2023-05-04	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26058	1486	17	85	3	139	12403	logfile
✘	8SQK	40708	2025-08-25	2023-05-04	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25574	1487	16	70	3	131	12229	logfile
✘	8SPA	40677	2025-08-22	2023-05-02	3.0	3.73	2.63	3.7	0.006	0.75	0.0	0.04	10.82	0.00	2.614	9.26	0.00	4.3	95.7	0.0	-3.14	0.49	0.82	5.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1870	245	5	0	0	0	0	logfile
✘	8J7A	36036	2025-08-26	2023-04-27	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	3121	30	0	198	0	0	logfile
✘	8J7B	36037	2025-08-26	2023-04-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35077	3213	30	0	201	0	0	logfile
✘	8J6R	36012	2025-08-23	2023-04-26	2.76	2.15	2.83	2.0	0.004	0.64	0.0	0.06	13.55	0.01	2.116	6.13	0.00	2.6	97.4	0.0	0.52	0.76	0.75	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9120	1151	6	0	2	1	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 57
• next →