Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8J6R	36012	2025-08-23	2023-04-26	2.76	2.15	2.83	2.0	0.004	0.64	0.0	0.06	13.55	0.01	2.116	6.13	0.00	2.6	97.4	0.0	0.52	0.76	0.75	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9120	1151	6	0	2	1	0	logfile
✘	8SNA	40618	2025-08-23	2023-04-26	4.0	4.05	3.93	3.9	0.004	0.59	0.0	0.03	25.68	0.00	2.125	10.03	0.00	3.3	96.7	0.0	1.91	0.85	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14591	1076	14	294	2	0	0	logfile
✘	8J5T	35993	2025-08-23	2023-04-24	2.98	3.29	3.03	3.2	0.007	0.96	2.0	0.05	16.08	0.01	2.004	13.98	0.65	8.0	92.0	0.0	-2.41	0.73	0.89	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13234	1740	5	0	5	0	0	logfile
✘	8SLA	40576	2025-08-25	2023-04-21	3.7	4.01	3.83	3.9	0.004	0.66	0.0	0.04	12.25	0.01	2.139	10.21	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.14	0.56	0.59	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24491	3607	4	0	0	0	0	logfile
✘	8SKU	40567	2025-08-25	2023-04-20	3.2	3.47	3.27	3.5	0.004	0.62	0.0	0.05	15.96	0.01	1.940	7.17	0.41	6.7	93.2	0.1	-1.08	0.65	0.72	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27901	1951	15	0	12	0	13425	logfile
✘	8oSG	17152	2025-08-23	2023-04-18	3.8	4.13	3.92	4.0	0.004	0.74	0.0	0.04	18.75	0.00	2.009	9.74	0.19	8.1	91.8	0.1	-1.30	0.80	0.83	0.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14536	1833	12	0	10	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-08-22	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-08-22	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8oR0	17114	2025-08-24	2023-04-12	3.1	2.37	2.95	1.6	0.004	0.64	1.0	0.04	15.61	0.00	1.149	6.28	0.51	3.9	96.1	0.0	0.59	0.64	0.56	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18823	2489	8	0	3	0	0	logfile
✘	8oQ8	17108	2025-08-23	2023-04-11	2.9	2.64	2.80	2.8	0.014	1.47	0.0	0.08	11.03	0.01	2.175	2.36	0.84	2.3	97.7	0.0	1.82	0.64	0.87	4.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14432	1680	15	0	46	132	0	logfile
✘	8oPM	17076	2025-08-25	2023-04-07	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29802	3582	42	0	123	0	0	logfile
✘	8oPo	17078	2025-08-25	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	8oPN	17077	2025-08-25	2023-04-07	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28543	3555	13	0	40	0	0	logfile
✘	8SDA	40350	2025-08-22	2023-04-06	3.32	3.41	3.15	3.4	0.008	1.11	0.0	0.04	15.99	0.00	2.225	15.13	0.00	2.7	97.3	0.0	1.62	0.63	0.81	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7414	939	8	0	19	0	0	logfile
✘	8iZ9	35836	2025-08-23	2023-04-06	2.95	3.38	3.07	3.3	0.002	0.56	0.0	0.04	14.57	0.01	2.273	7.52	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.94	0.52	0.61	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9779	1224	2	0	1	0	0	logfile
✘	8iY5	35814	2025-08-23	2023-04-04	2.8	2.81	2.81	3.0	0.003	0.69	0.0	0.04	13.17	0.00	2.166	11.73	0.00	3.9	95.9	0.3	-0.34	0.47	0.57	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9176	1177	6	0	0	0	0	logfile
✘	8iXo	35800	2025-08-26	2023-04-01	4.0	3.57	—	3.7	0.005	0.76	0.0	0.04	18.88	0.00	2.205	11.85	0.10	6.7	93.2	0.1	0.57	0.65	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32136	4185	6	0	15	0	0	logfile
✘	8iVQ	35759	2025-08-26	2023-03-28	3.6	3.71	3.56	3.6	0.005	1.00	0.0	0.05	13.29	0.01	2.234	5.03	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.01	0.73	0.69	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41900	5842	2	0	0	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2025-08-23	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2025-08-22	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 25 of 57
• next →