Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9N2D	48835	2025-08-24	2025-01-28	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18488	2284	15	0	18	16	0	logfile
✘	9N2F	48837	2025-08-22	2025-01-28	3.5	2.39	3.39	2.2	0.004	0.71	1.0	0.05	18.69	0.00	2.415	10.57	5.19	6.3	93.5	0.2	-0.74	0.70	0.74	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7600	948	2	0	0	0	0	logfile
✘	9N13	48804	2025-08-22	2025-01-24	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4424	269	4	0	12	0	2083	logfile
✘	9N0D	48781	2025-08-24	2025-01-24	3.8	3.98	3.75	4.0	0.003	0.79	6.0	0.05	17.50	0.00	2.190	12.23	4.85	7.4	92.6	0.0	-0.03	0.63	0.75	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16989	2079	30	0	36	0	0	logfile
✘	9MZT	48768	2025-08-25	2025-01-23	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28143	3392	101	0	53	0	0	logfile
✘	9LKT	63186	2025-08-27	2025-01-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44609	5319	28	111	10	0	0	logfile
✘	9MW0	48676	2025-08-24	2025-01-16	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19668	2589	9	0	3	0	0	logfile
✘	9MVZ	48675	2025-08-25	2025-01-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26415	3468	12	0	3	0	0	logfile
✘	9MNY	48443	2025-08-22	2024-12-24	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5332	675	7	0	1	0	0	logfile
✘	9MN9	48417	2025-08-23	2024-12-20	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8742	977	6	44	2	0	0	logfile
✘	9MiH	48290	2025-08-24	2024-12-12	3.9	4.24	4.04	4.1	0.008	1.07	0.0	0.05	15.09	0.01	1.775	5.90	0.13	6.1	93.9	0.0	-1.14	0.74	0.81	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20955	2577	28	0	66	0	0	logfile
✘	9MH0	48265	2025-08-26	2024-12-11	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43016	3664	34	0	291	0	0	logfile
✘	9HNW	52316	2025-08-23	2024-12-11	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9349	1178	6	0	2	0	0	logfile
✘	9MH1	48266	2025-08-26	2024-12-11	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41548	3640	34	0	270	0	0	logfile
✘	9MGZ	48264	2025-08-27	2024-12-11	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44202	3918	34	0	284	0	0	logfile
✘	9MGB	48248	2025-08-25	2024-12-10	2.1	3.04	2.11	2.7	0.006	0.65	0.0	0.04	16.96	0.02	2.045	10.81	0.47	2.9	97.1	0.0	1.39	0.86	0.85	4.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26856	3390	30	0	30	0	0	logfile
✘	9EKF	48120	2025-08-24	2024-12-02	2.68	2.85	2.69	2.9	0.005	0.94	0.0	0.06	16.75	0.01	0.836	4.34	2.15	4.2	95.8	0.0	-1.19	0.46	0.67	4.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17537	2145	15	0	33	0	0	logfile
✘	9EGM	47991	2025-08-23	2024-11-21	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14255	1690	15	0	15	330	0	logfile
✘	9EGQ	47995	2025-08-23	2024-11-21	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15267	1875	10	0	7	0	0	logfile
✘	9EFZ	47982	2025-08-23	2024-11-20	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14477	1700	15	0	15	382	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 57
• next →