Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8CiN	16680	2025-08-26	2023-02-10	2.7	3.46	2.86	3.2	0.004	0.53	0.0	0.04	9.97	0.00	2.238	4.62	0.70	3.6	96.4	0.0	0.29	0.84	0.87	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35175	4479	24	0	51	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2025-08-24	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8G3R	29709	2025-08-23	2023-02-08	2.3	3.00	2.38	2.8	0.015	1.72	4.0	0.09	14.04	0.01	2.187	0.45	0.06	3.4	96.4	0.2	-0.80	0.84	0.92	6.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14899	1790	38	0	86	0	0	logfile
✘	8i87	35240	2025-08-25	2023-02-03	3.1	3.24	3.12	3.2	0.003	0.53	3.0	0.04	19.60	0.00	2.023	8.75	4.16	4.0	95.7	0.3	-0.18	0.75	0.83	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31066	3519	20	143	4	0	0	logfile
✘	8CE7	16600	2025-08-23	2023-02-01	2.7	2.34	2.47	2.7	0.010	1.43	12.0	0.09	13.19	0.01	0.000	16.57	3.33	9.0	91.0	0.0	-3.63	0.44	0.73	6.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10512	1512	24	0	0	0	0	logfile
✘	8G04	29644	2025-08-22	2023-01-31	3.4	3.70	3.41	3.6	0.005	0.67	0.0	0.04	11.25	0.01	2.229	6.36	2.28	3.2	96.8	0.0	0.42	0.82	0.82	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7314	944	5	0	12	0	0	logfile
✘	8FZ7	29605	2025-08-24	2023-01-27	2.88	3.34	2.90	3.1	0.006	0.62	0.0	0.05	10.71	0.01	2.255	3.22	0.43	2.6	97.4	0.0	0.08	0.86	0.82	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16971	2156	12	0	7	0	0	logfile
✘	8FY4	29552	2025-08-22	2023-01-25	2.57	2.06	2.58	2.8	0.003	0.57	0.0	0.04	14.87	0.00	2.189	8.90	1.87	1.8	98.2	0.0	2.42	0.63	0.62	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7800	989	3	0	0	0	0	logfile
✘	8FXi	29534	2025-08-25	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29641	3684	10	0	6	0	0	logfile
✘	8CAi	16526	2025-08-26	2023-01-24	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37814	1552	34	1114	90	1416	0	logfile
✘	8FVW	29494	2025-08-25	2023-01-19	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26108	3165	18	52	5	225	0	logfile
✘	8BQW	16189	2025-08-24	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.029	2.62	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.74	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	8BQV	16188	2025-08-22	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	0.96	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8i42	35162	2025-08-23	2023-01-18	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14060	1560	10	0	40	0	0	logfile
✘	8i03	35093	2025-08-25	2023-01-10	3.2	3.33	3.12	3.2	0.010	0.90	0.0	0.05	19.65	0.01	1.837	16.31	15.70	7.2	92.7	0.1	-2.95	0.77	0.83	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29430	3638	13	0	6	0	0	logfile
✘	8FQ6	29379	2025-08-22	2023-01-05	3.14	2.92	3.12	3.1	0.015	0.70	0.0	0.06	18.12	0.00	2.275	5.30	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.55	0.67	0.85	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8398	1064	16	0	4	16	0	logfile
✘	8HXZ	35083	2025-08-23	2023-01-05	3.4	4.97	3.37	2.8	0.005	0.98	0.0	0.05	29.12	0.01	2.303	7.66	0.00	3.0	97.0	0.0	-1.57	0.89	0.77	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13740	879	11	328	0	0	0	logfile
✘	8HXA	35074	2025-08-23	2023-01-04	3.04	3.23	3.02	3.2	0.005	1.07	0.0	0.06	15.67	0.01	2.023	5.42	0.18	5.1	94.6	0.3	-0.78	0.68	0.80	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14790	1842	12	0	0	0	0	logfile
✘	8HX0	35070	2025-08-23	2023-01-03	2.9	3.26	3.10	3.2	0.003	0.55	0.0	0.04	13.32	0.00	2.234	5.10	0.06	0.5	99.5	0.0	3.64	0.69	0.85	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14919	1926	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Foi	29350	2025-08-26	2022-12-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35120	2120	21	0	81	0	16834	logfile

• ← previous
• Page 27 of 57
• next →