Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8Fo1	29338	2025-08-25	2022-12-29	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24481	1596	4	0	0	0	12140	logfile
✘	8C1R	16381	2025-08-24	2022-12-21	3.2	2.92	3.03	3.1	0.011	1.15	0.0	0.07	17.11	0.01	2.068	7.10	3.23	4.7	95.2	0.1	0.17	0.61	0.84	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18333	2331	19	0	20	6	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-08-22	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile
✘	8HRX	34981	2025-08-22	2022-12-16	2.89	3.36	2.87	3.4	0.003	0.70	0.0	0.05	16.54	0.00	1.709	10.40	3.52	6.6	93.1	0.3	0.01	0.59	0.86	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6013	780	4	0	0	0	0	logfile
✘	8HRN	34979	2025-08-22	2022-12-15	3.9	4.18	3.97	4.0	0.005	0.91	0.0	0.05	17.07	0.01	2.080	24.49	0.95	3.4	96.6	0.0	-1.15	0.76	0.69	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	597	1	0	0	0	0	logfile
✘	8HMZ	34905	2025-08-23	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8BVS	16270	2025-08-22	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8BVH	16264	2025-08-26	2022-12-03	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38135	2256	24	41	8	0	18879	logfile
✘	8FCA	28978	2025-08-26	2022-12-01	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35936	2400	8	0	8	0	17476	logfile
✘	8FC9	28977	2025-08-27	2022-12-01	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41172	3092	12	4	4	0	19360	logfile
✘	8BTo	16233	2025-08-27	2022-11-29	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46128	5676	24	0	24	0	0	logfile
✘	8BTP	16234	2025-08-27	2022-11-29	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46260	5676	24	12	12	0	0	logfile
✘	8FAK	28959	2025-08-23	2022-11-28	3.22	3.32	3.44	3.4	0.002	0.46	0.0	0.04	19.10	0.00	1.988	8.55	0.00	2.3	97.7	0.0	1.43	0.69	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14963	837	7	57	2	0	7248	logfile
✘	8BRi	16215	2025-08-23	2022-11-23	3.9	4.18	3.95	4.1	0.005	1.30	2.0	0.07	16.37	0.01	1.969	24.91	1.15	2.8	97.2	0.0	2.08	0.70	0.79	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9911	1312	7	0	0	0	0	logfile
✘	8F7Q	28907	2025-08-23	2022-11-20	3.22	3.34	3.11	3.3	0.004	0.87	0.0	0.07	8.26	0.01	2.262	3.31	0.00	1.4	98.6	0.0	0.89	0.64	0.78	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11994	1484	11	0	10	0	0	logfile
✘	8F6Z	28893	2025-08-24	2022-11-17	2.7	3.51	2.66	3.1	0.007	0.81	0.0	0.05	15.71	0.00	1.907	8.80	0.00	3.0	97.0	0.0	0.31	0.82	0.87	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16997	2015	19	0	37	5	0	logfile
✘	8F6J	28885	2025-08-23	2022-11-16	3.7	3.93	3.63	3.9	0.003	0.51	0.0	0.04	14.39	0.01	2.084	6.52	0.00	6.0	93.6	0.4	-0.50	0.73	0.81	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	8F4P	28856	2025-08-25	2022-11-11	3.7	3.87	—	3.8	0.004	0.61	0.0	0.05	17.27	0.00	2.197	10.82	0.51	6.6	93.3	0.1	-0.97	0.56	0.76	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26635	3342	13	0	37	0	0	logfile
✘	8BL8	16103	2025-08-23	2022-11-09	3.21	3.58	3.33	3.5	0.004	0.63	1.0	0.05	13.41	0.00	2.239	3.48	0.06	2.5	97.5	0.0	0.16	0.70	0.84	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14019	1656	20	0	25	0	0	logfile
✘	8EYK	28691	2025-08-24	2022-10-27	2.7	3.20	2.66	3.0	0.013	1.00	0.0	0.05	16.76	0.00	2.171	10.91	1.25	2.1	97.9	0.0	0.16	0.76	0.82	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15386	2036	4	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 28 of 57
• next →