Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9EFZ	47982	2025-08-23	2024-11-20	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14477	1700	15	0	15	382	0	logfile
✘	9KMJ	62435	2025-08-22	2024-11-16	3.1	3.32	3.08	3.3	0.006	0.88	0.0	0.05	13.75	0.01	2.251	6.35	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.43	0.62	0.82	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6019	762	4	0	4	1	0	logfile
✘	9EDC	47944	2025-08-22	2024-11-16	4.18	5.14	4.40	5.9	0.005	0.88	0.0	0.05	13.87	0.01	2.263	2.91	0.00	2.5	97.3	0.2	-1.43	0.70	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4062	498	3	0	1	0	0	logfile
✘	9HDR	52073	2025-08-23	2024-11-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12202	1263	8	86	2	0	0	logfile
✘	9HDP	52071	2025-08-23	2024-11-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	0	logfile
✘	9KJT	62375	2025-08-24	2024-11-12	3.84	4.76	3.86	4.1	0.006	0.66	0.0	0.04	16.58	0.00	2.198	16.72	0.11	5.4	94.6	0.0	1.01	0.93	0.88	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16413	2130	3	0	0	0	0	logfile
✘	9HDo	52070	2025-08-23	2024-11-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	0	logfile
✘	9EAP	47839	2025-08-23	2024-11-11	2.7	2.81	2.69	2.9	0.004	0.73	0.0	0.04	18.58	0.00	2.148	8.42	4.25	7.9	92.0	0.1	-1.48	0.19	0.54	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11883	1534	6	0	3	0	0	logfile
✘	9EAN	47837	2025-08-23	2024-11-11	2.4	2.52	2.43	4.8	0.006	0.84	0.0	0.05	17.82	0.01	2.091	5.34	2.75	5.5	94.3	0.2	-0.84	0.03	-0.02	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11798	1535	3	0	0	0	0	logfile
✘	9HBW	52032	2025-08-23	2024-11-08	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10702	1259	8	54	0	0	0	logfile
✘	9HBS	52028	2025-08-23	2024-11-08	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11044	1252	6	74	0	0	0	logfile
✘	9HBZ	52035	2025-08-24	2024-11-08	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15706	1881	12	64	0	0	0	logfile
✘	9HBU	52030	2025-08-22	2024-11-08	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5530	629	4	37	0	0	0	logfile
✘	9HBV	52031	2025-08-22	2024-11-08	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5405	629	5	30	0	0	0	logfile
✘	9HBY	52034	2025-08-22	2024-11-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7976	951	7	35	0	0	0	logfile
✘	9HBX	52033	2025-08-22	2024-11-08	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5261	630	5	22	0	0	0	logfile
✘	9HBT	52029	2025-08-23	2024-11-08	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13327	1581	10	60	0	0	0	logfile
✘	9HBR	52027	2025-08-22	2024-11-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5236	625	5	22	0	0	0	logfile
✘	9K9T	62198	2025-08-24	2024-10-27	2.96	2.65	3.09	1.9	0.003	0.68	0.0	0.05	15.46	0.00	2.236	8.51	0.27	4.2	95.7	0.1	-0.22	0.81	0.77	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14139	1624	5	43	0	0	0	logfile
✘	9E41	47497	2025-08-25	2024-10-24	2.83	3.72	2.88	3.5	0.003	0.50	0.0	0.04	12.22	0.00	1.975	3.10	0.07	4.2	95.8	0.0	0.69	0.60	0.83	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26507	1707	12	0	16	0	13101	logfile

• ← previous
• Page 3 of 57
• next →