cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9E2V	47469	2025-08-24	2024-10-23	2.0	2.78	2.06	2.5	0.002	0.40	0.0	0.04	17.95	0.00	2.381	3.76	0.85	0.9	99.1	0.0	1.64	0.79	0.94	5.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16910	2260	10	0	0	0	0	logfile
✘	9K38	62008	2025-08-27	2024-10-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44526	5319	28	107	10	0	0	logfile
✘	9K36	62006	2025-08-27	2024-10-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44600	5319	27	112	9	0	0	logfile
✘	9K39	62010	2025-08-27	2024-10-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44526	5319	28	107	10	0	0	logfile
✘	9K2G	61994	2025-08-27	2024-10-17	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44605	5319	27	112	9	0	0	logfile
✘	9DYL	47308	2025-08-23	2024-10-14	2.6	3.05	2.71	3.0	0.013	1.25	0.0	0.07	14.40	0.01	2.211	13.34	0.00	3.2	96.8	0.0	1.22	0.70	0.92	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15645	1880	10	0	10	0	0	logfile
✘	9DYi	47305	2025-08-23	2024-10-14	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15521	1885	15	0	6	0	0	logfile
✘	9DYJ	47306	2025-08-23	2024-10-14	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	0	logfile
✘	9DYN	47310	2025-08-23	2024-10-14	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	0	logfile
✘	9JSU	61783	2025-08-22	2024-10-01	1.79	2.07	1.34	1.9	0.012	1.70	0.0	0.07	11.86	0.01	2.673	0.50	0.00	2.8	97.2	0.0	-2.92	0.29	0.70	9.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4040	264	8	0	0	0	2000	logfile
✘	9JSo	61779	2025-08-27	2024-09-30	2.9	3.67	3.12	3.3	0.025	0.64	0.0	0.04	14.34	0.00	0.000	10.18	0.00	2.9	97.1	0.0	0.17	0.86	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45721	5889	26	0	39	0	0	logfile
✘	9JQR	61740	2025-08-24	2024-09-28	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17295	2150	12	0	16	0	0	logfile
✘	9DRX	47132	2025-08-24	2024-09-26	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17398	2121	17	0	25	0	0	logfile
✘	9JoU	61685	2025-08-23	2024-09-25	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9913	1150	15	0	35	51	0	logfile
✘	9DPL	47106	2025-08-24	2024-09-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10555	1092	10	76	6	0	0	logfile
✘	9JLN	61591	2025-08-22	2024-09-19	2.84	3.29	2.98	3.3	0.004	0.66	0.0	0.04	16.02	0.00	2.219	6.62	0.00	3.1	96.9	0.0	1.28	0.55	0.74	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4295	521	2	0	9	0	0	logfile
✘	9GTB	51560	2025-08-23	2024-09-17	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10064	1271	4	0	8	0	0	logfile
✘	9GSZ	51559	2025-08-22	2024-09-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6018	383	2	0	1	0	3051	logfile
✘	9GSY	51558	2025-08-22	2024-09-16	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7353	941	2	0	3	0	0	logfile
✘	9GSi	51549	2025-08-22	2024-09-16	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7316	933	2	0	4	0	0	logfile