Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7E1W	30944	2025-08-27	2021-02-03	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42695	5132	35	0	59	1	0	logfile
✘	7NDC	12283	2025-08-25	2021-01-30	4.1	4.42	—	4.2	0.003	0.57	0.0	0.04	11.86	0.00	2.118	3.57	0.37	3.9	96.1	0.0	-0.43	0.83	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30645	3852	27	0	54	0	0	logfile
✘	7NBX	12262	2025-08-24	2021-01-28	4.8	5.30	4.71	4.9	0.008	1.04	0.0	0.05	15.90	0.01	1.950	12.59	0.00	12.3	87.6	0.1	-4.49	0.76	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22637	1475	5	0	0	0	11129	logfile
✘	7E0F	30931	2025-08-22	2021-01-27	3.02	3.18	—	3.5	0.016	0.99	0.0	0.07	15.88	0.00	2.341	9.76	0.00	12.8	87.2	0.0	-5.10	0.39	0.81	5.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2022	294	6	0	0	0	0	logfile
✘	7Li9	23364	2025-08-22	2021-01-26	3.9	4.05	—	4.0	0.003	0.68	0.0	0.04	13.56	0.00	2.309	6.23	0.00	5.4	94.6	0.0	-3.52	0.64	0.73	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6174	767	5	0	13	0	0	logfile
✘	7Li6	23361	2025-08-22	2021-01-26	3.5	3.98	—	4.0	0.002	0.74	0.0	0.07	12.31	0.00	2.310	5.21	1.72	5.0	95.0	0.0	-3.07	0.57	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6249	767	5	0	26	0	0	logfile
✘	7BoG	12242	2025-08-26	2021-01-25	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33589	1336	16	1071	105	0	0	logfile
✘	7Boi	12244	2025-08-26	2021-01-25	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35970	1617	16	1078	74	0	0	logfile
✘	7NAS	12246	2025-08-26	2021-01-25	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32390	1454	15	974	43	0	0	logfile
✘	7BoD	12239	2025-08-26	2021-01-25	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33389	1289	14	1078	101	0	0	logfile
✘	7BoF	12241	2025-08-26	2021-01-25	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32814	1238	13	1070	129	0	0	logfile
✘	7LGQ	23328	2025-08-25	2021-01-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27718	3508	16	0	16	0	402	logfile
✘	7LGJ	23325	2025-08-25	2021-01-20	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27277	3492	16	0	24	0	185	logfile
✘	7DXK	30912	2025-08-24	2021-01-19	4.1	4.08	—	4.0	0.007	1.05	0.0	0.05	15.55	0.01	2.251	5.91	0.48	5.2	94.6	0.2	-3.75	0.79	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20491	2621	2	0	0	0	0	logfile
✘	7DX0	30891	2025-08-24	2021-01-18	3.2	3.26	—	3.2	0.012	1.34	0.0	0.08	18.00	0.01	1.918	22.73	12.58	10.3	86.6	3.2	-4.14	0.70	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23752	2914	28	0	71	0	0	logfile
✘	7LBG	23254	2025-08-23	2021-01-07	2.6	2.98	—	2.9	0.003	0.61	0.0	0.04	12.95	0.01	2.085	3.18	0.00	3.5	96.5	0.0	0.44	0.79	0.85	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14586	1788	13	0	26	0	0	logfile
✘	7L8F	23232	2025-08-24	2020-12-31	3.66	3.77	3.53	3.7	0.023	1.73	0.0	0.14	11.25	0.02	2.118	1.45	0.00	1.7	98.3	0.0	0.91	0.70	0.79	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15840	1705	28	0	320	0	0	logfile
✘	7DSN	30839	2025-08-22	2020-12-31	3.1	3.18	—	3.1	0.012	1.17	0.0	0.49	22.16	0.01	2.132	8.95	1.52	6.7	92.4	1.0	-4.42	0.67	0.82	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7534	935	8	0	12	17	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-08-23	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	2.97	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7B9F	12103	2025-08-23	2020-12-14	3.0	3.81	—	3.5	0.008	1.01	1.0	0.06	12.03	0.01	2.247	4.07	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.11	0.61	0.82	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11270	1475	5	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 44 of 57
• next →