Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ELB	31179	2025-08-25	2021-04-09	4.1	4.43	—	4.1	0.003	0.81	0.0	0.04	13.34	0.00	2.021	9.16	2.07	8.6	91.4	0.0	-3.36	0.80	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31012	3972	8	0	10	0	0	logfile
✘	7MEM	23792	2025-08-26	2021-04-06	3.2	3.85	3.33	3.6	0.019	1.76	0.0	0.11	10.41	0.01	2.305	0.97	0.00	1.7	98.3	0.0	0.80	0.77	0.74	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32898	2124	21	0	18	0	16044	logfile
✘	7o3E	12705	2025-08-27	2021-04-01	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44039	5417	45	0	34	0	0	logfile
✘	7EiB	31145	2025-08-22	2021-03-30	3.0	2.24	—	2.0	0.005	0.86	0.0	0.05	12.65	0.01	2.306	3.38	0.27	2.0	98.0	0.0	-0.34	0.74	0.75	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7204	928	5	0	0	0	0	logfile
✘	7M71	23707	2025-08-22	2021-03-26	2.66	3.67	2.73	3.0	0.013	1.87	5.0	0.11	12.98	0.02	2.531	0.08	0.41	5.0	95.0	0.0	-0.93	0.52	0.79	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6646	852	6	0	4	0	0	logfile
✘	7M6H	23696	2025-08-25	2021-03-25	4.0	4.24	—	3.9	0.007	1.20	7.0	0.07	13.70	0.01	2.170	14.11	0.27	7.0	92.9	0.1	-2.57	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27379	3476	10	0	28	0	0	logfile
✘	7EGK	31135	2025-08-23	2021-03-24	2.7	2.79	2.60	2.7	0.008	1.00	0.0	0.05	14.74	0.01	2.240	2.92	8.02	3.2	96.5	0.2	-5.67	0.74	0.87	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9894	1317	12	0	6	0	0	logfile
✘	7EGG	31116	2025-08-23	2021-03-24	2.77	3.08	—	3.0	0.008	1.13	14.0	0.08	14.57	0.01	2.248	8.11	3.51	3.8	96.1	0.1	-3.25	0.72	0.85	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10062	1259	7	0	0	0	0	logfile
✘	7EFD	31084	2025-08-22	2021-03-21	1.77	1.78	1.81	1.9	0.033	3.16	12.0	0.09	15.32	0.02	0.001	1.61	2.15	1.7	97.5	0.8	-0.54	0.74	0.82	5.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4004	480	8	0	4	156	0	logfile
✘	7NV0	12601	2025-08-23	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7NVo	12608	2025-08-26	2021-03-15	3.5	3.63	3.27	3.5	0.006	0.85	0.0	0.05	17.64	0.00	1.778	13.24	1.87	7.8	92.0	0.2	-4.70	0.69	0.83	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	4480	42	0	44	10	0	logfile
✘	7NT6	12584	2025-08-25	2021-03-09	4.3	4.34	3.98	3.3	0.012	2.07	0.0	0.15	12.20	0.01	2.119	1.13	0.00	4.0	95.6	0.3	-2.44	0.72	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24128	5582	17	90	0	0	0	logfile
✘	7LYT	23601	2025-08-23	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7LY0	23581	2025-08-22	2021-03-05	2.6	2.57	2.63	2.7	0.012	1.20	0.0	0.08	9.44	0.01	2.515	0.55	0.36	1.2	98.8	0.0	1.70	0.61	0.70	5.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2805	354	5	0	6	0	0	logfile
✘	7E8H	31019	2025-08-27	2021-03-01	4.5	4.06	4.43	3.7	0.002	0.62	0.0	0.04	14.21	0.00	2.089	18.27	0.00	6.9	93.0	0.1	-0.78	0.73	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44894	5576	12	0	0	0	0	logfile
✘	7E7S	31003	2025-08-22	2021-02-27	3.3	3.32	3.27	3.4	0.003	0.50	0.0	0.04	14.41	0.00	2.166	8.26	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.13	0.68	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7884	1020	2	0	2	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2025-08-24	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7NFD	12300	2025-08-23	2021-02-06	3.51	3.83	—	3.8	0.009	1.34	1.0	0.05	16.11	0.00	2.071	25.19	0.37	15.9	84.0	0.1	-5.50	0.62	0.81	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12394	1582	9	0	5	0	0	logfile
✘	7E1X	30945	2025-08-27	2021-02-03	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42679	5132	34	0	59	0	0	logfile
✘	7E1W	30944	2025-08-27	2021-02-03	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42695	5132	35	0	59	1	0	logfile

• ← previous
• Page 43 of 57
• next →